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万見
- PDB-5vlc: Crystal Structure of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vlc
タイトルCrystal Structure of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase in Complex with L-Histidinol
要素Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / histidine biosynthesis / Zn2+ binding protein / NAD binding protein / plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / chloroplast / NAD binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1300 / Histidinol dehydrogenase, conserved site / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase, monofunctional / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase signature. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1300 / Histidinol dehydrogenase, conserved site / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase, monofunctional / Histidinol dehydrogenase / Histidinol dehydrogenase signature. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-histidinol / Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structures of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase Show Rearrangements Required for NAD(+) Binding and the Cofactor Positioned to Accept a Hydride.
著者: Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
B: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
C: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
D: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
E: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
F: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,40818
ポリマ－289,1626
非ポリマー1,24612
水11,259625
1
A: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
B: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8036
ポリマ－96,3872
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
2
C: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
D: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8036
ポリマ－96,3872
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11870 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
3
E: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
F: Histidinol dehydrogenase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8036
ポリマ－96,3872
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.859, 139.201, 102.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Histidinol dehydrogenase, chloroplastic / HDH


分子量: 48193.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MTR_2g030520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: G7IKX3, histidinol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-HSO / L-histidinol


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 142.179 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N3O
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 100 mM MES pH 5.2, 200 mM NACl, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.73 Å / Num. obs: 175983 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.14 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 27746 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kae

1kae


解像度: 1.97→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 10.067 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22912 1232 0.7 %RANDOM
Rwork0.17853 ---
obs0.17888 174751 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.206 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20.22 Å2
2---0.38 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19688 0 66 625 20379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01920189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.95827386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0142.99944768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32152586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00925.198810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.111153368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8571569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.23181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02122753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.024226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7913.38110383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7913.38110384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8115.05812953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8115.05812954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1673.7089806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1673.7089807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5365.44514433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.51927.25222527
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.49427.16922391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.974→2.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 85 -
Rwork0.292 12173 -
obs--94.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5149-0.2594-0.41190.42030.22530.3320.07630.02570.0137-0.057-0.06070.0381-0.0568-0.0269-0.01560.04640.0131-0.02160.0720.00340.0753-14.70778.592-6.671
20.5747-0.231-0.38510.59180.19740.294-0.05910.0457-0.1439-0.0778-0.04930.11620.0090.00820.10840.0525-0.0074-0.01130.0905-0.02560.0707-7.0960.124-14.211
30.2542-0.09270.05590.245-0.05120.61960.0838-0.02570.0489-0.02750.0438-0.0638-0.1255-0.0426-0.12770.0664-0.02080.05340.0933-0.01980.068733.25278.03510.38
40.25440.0237-0.05260.4451-0.04550.45430.0631-0.0871-0.0566-0.02540.0692-0.1250.0654-0.0582-0.13230.0316-0.0323-0.03520.107-0.00050.1134.68458.52819.317
51.40610.73160.63980.95030.39580.4958-0.2305-0.22990.242-0.06260.03480.1736-0.02410.02740.19570.07390.0977-0.00560.14640.01720.0763-5.63175.51343.157
61.12330.33070.67440.5969-0.06130.7644-0.0951-0.2623-0.1952-0.13350.0775-0.03130.0859-0.13430.01760.06740.03280.07030.1530.1190.1284-13.25456.56838.254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 475
2X-RAY DIFFRACTION2B42 - 473
3X-RAY DIFFRACTION3C42 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4D42 - 473
5X-RAY DIFFRACTION5E42 - 475
6X-RAY DIFFRACTION6F42 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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