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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vlc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase in Complex with L-Histidinol | ||||||
要素 | Histidinol dehydrogenase, chloroplastic | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / histidine biosynthesis / Zn2+ binding protein / NAD binding protein / plant protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chloroplast / NAD binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Ruszkowski, M. / Dauter, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structures of Medicago truncatula L-Histidinol Dehydrogenase Show Rearrangements Required for NAD(+) Binding and the Cofactor Positioned to Accept a Hydride. 著者: Ruszkowski, M. / Dauter, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vlc.cif.gz | 979.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vlc.ent.gz | 816.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vlc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vlc_validation.pdf.gz | 491.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vlc_full_validation.pdf.gz | 511.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vlc_validation.xml.gz | 89.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vlc_validation.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48193.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_2g030520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: G7IKX3, histidinol dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-HSO / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 100 mM MES pH 5.2, 200 mM NACl, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→48.73 Å / Num. obs: 175983 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.14 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 27746 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1kae 解像度: 1.97→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 10.067 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.206 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.97→48.73 Å
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拘束条件 |
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