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- PDB-5vl9: Crystal structure of EilR in complex with eilO DNA element -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vl9
タイトルCrystal structure of EilR in complex with eilO DNA element
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
  • Regulatory protein TetR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor (転写因子) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / EilR repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Ruegg, T.L. / Chen, J. / Novichkov, P. / DeGiovani, A. / Tomaleri, G.P. / Singer, S. / Simmons, B. / Thelen, M. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Jungle Express is a versatile repressor system for tight transcriptional control.
著者: Ruegg, T.L. / Pereira, J.H. / Chen, J.C. / DeGiovanni, A. / Novichkov, P. / Mutalik, V.K. / Tomaleri, G.P. / Singer, S.W. / Hillson, N.J. / Simmons, B.A. / Adams, P.D. / Thelen, M.P.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein TetR
B: Regulatory protein TetR
C: Regulatory protein TetR
D: Regulatory protein TetR
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,52117
ポリマ－105,4578
非ポリマー1,0649
水4,792266
1
A: Regulatory protein TetR
B: Regulatory protein TetR
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,87811
ポリマ－61,2876
非ポリマー5915
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Regulatory protein TetR
D: Regulatory protein TetR
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,76010
ポリマ－61,2876
非ポリマー4734
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.790, 74.060, 81.360
Angle α, β, γ (deg.)116.80, 105.19, 90.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Regulatory protein TetR


分子量: 22084.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
遺伝子: Entcl_2353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3G817
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4205.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4352.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Lithium sulphate, 0.1 M Magnesium chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, 20 %PEG 3,350 and 10 % Hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→65.29 Å / Num. obs: 55872 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2650: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→65.288 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 2854 5.11 %
Rwork0.194 --
obs0.1958 55872 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→65.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6020 1136 72 266 7494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46710289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1514246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.19730.36591120.30922724X-RAY DIFFRACTION96
2.1973-2.23720.34531490.30092621X-RAY DIFFRACTION96
2.2372-2.28020.28821450.28522673X-RAY DIFFRACTION96
2.2802-2.32680.33121180.2692673X-RAY DIFFRACTION96
2.3268-2.37740.32471200.25732704X-RAY DIFFRACTION96
2.3774-2.43270.33111520.25682596X-RAY DIFFRACTION95
2.4327-2.49350.34411560.24622682X-RAY DIFFRACTION96
2.4935-2.56090.25891550.24042659X-RAY DIFFRACTION96
2.5609-2.63630.27321470.23322662X-RAY DIFFRACTION96
2.6363-2.72140.25781480.2322668X-RAY DIFFRACTION97
2.7214-2.81870.26971560.22592650X-RAY DIFFRACTION96
2.8187-2.93150.22531440.22252664X-RAY DIFFRACTION96
2.9315-3.06490.24941400.21652695X-RAY DIFFRACTION97
3.0649-3.22650.24171430.20922662X-RAY DIFFRACTION96
3.2265-3.42870.23031100.18962685X-RAY DIFFRACTION96
3.4287-3.69340.18821700.16772642X-RAY DIFFRACTION96
3.6934-4.0650.20441920.16112582X-RAY DIFFRACTION95
4.065-4.65310.19641510.14632571X-RAY DIFFRACTION94
4.6531-5.86180.18831340.1672565X-RAY DIFFRACTION92
5.8618-65.31810.1851120.15342640X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3864-4.25364.78455.8047-5.24859.1713-0.1895-0.4320.5483-0.36930.235-0.1263-0.4086-0.6020.04820.30040.02080.03730.35630.0550.3609-12.099-66.6289-0.3522
23.63190.46492.23121.8645-0.22232.50630.0718-0.07220.1716-0.0657-0.068-0.0993-0.0305-0.24310.02430.31990.02730.08170.35050.03970.3119-5.4225-69.662-0.2027
39.24150.7814-3.19086.0114.80489.0835-0.2793-0.6092-0.29320.20540.1385-0.0209-0.1126-0.13450.29790.45160.1350.05570.4510.01870.2944.4516-65.96125.2032
42.8581-0.66471.7254.65031.75964.9193-0.0922-0.13730.22620.22120.2551-0.0195-0.2985-0.3215-0.12050.23960.0390.00260.25790.00460.32897.4061-68.32599.5138
53.3185-2.118-0.10845.45820.93673.9375-0.2053-0.33860.45130.23770.1318-0.4953-0.4972-0.08180.10180.30020.0453-0.05870.2031-0.07350.370116.6881-67.350418.764
65.29973.29872.04888.29952.02356.6273-0.0575-0.3338-0.5070.16940.2966-0.50040.0619-0.7057-0.33650.31030.04150.04850.41010.04760.398115.8336-75.456625.1894
76.25610.0315-1.09348.68032.60985.2728-0.03550.4325-0.7137-0.52640.0673-0.42850.90340.1270.0530.62350.0905-0.01210.5031-0.02020.317928.36-99.1744-7.0737
87.82965.7566.24297.48756.41827.56070.44860.12-0.03060.4596-0.3169-0.01860.79230.1738-0.1370.41870.06880.04650.34870.04520.256530.1057-90.6324.238
96.14492.301-0.19432.79691.34873.719-0.52860.0238-1.2037-0.4495-0.7231-1.94480.30422.55261.03430.65650.03950.23430.64160.0411.090643.7437-77.321914.4958
104.13523.5511.75674.13080.17727.34850.43310.24850.32130.1113-0.1773-0.4539-0.2093-0.0947-0.16560.31610.04640.0940.30880.05830.49235.6307-75.071614.381
119.49324.8457-1.83173.4847-0.53753.44810.42510.55030.8163-0.1661-0.19160.3921-0.1652-0.0085-0.26380.35320.03270.02360.34620.03820.396223.2534-82.83861.506
127.19645.52095.3845.92694.86494.4416-0.00660.1351-0.11620.16970.1327-0.0550.37460.2109-0.19430.31790.03140.06690.27520.04190.325726.4059-86.61815.8288
137.6936-1.86885.81332.7359-1.87258.2843-0.2072-0.31770.10950.2206-0.02020.0402-0.3363-0.27630.270.30190.04280.05330.2373-0.01940.280725.5402-76.050320.2357
143.8089-1.06593.76385.8441-0.37613.7851-0.66160.83371.23970.8560.2914-0.1562-1.7621-1.71420.79210.87130.1237-0.06260.77680.10360.641319.7406-64.59484.0911
154.9663-4.06736.683.1602-4.39962.0821-0.35420.30080.7459-0.1044-0.4491-0.7151-0.41210.31850.5830.34880.00390.01510.37750.04120.468229.0295-67.811417.9712
166.0013-2.94361.41533.4322-4.09337.0812-0.1759-0.363-0.1847-0.22190.1959-0.09420.6168-0.2127-0.12740.4748-0.0325-0.0330.42620.01470.420513.1862-100.2332-31.4194
171.3586-0.3038-0.89982.7467-3.25337.6430.084-0.04480.0939-0.2395-0.0573-0.0159-0.03160.02830.00790.42170.0729-0.01950.3193-0.02260.368318.5067-91.3527-42.9216
186.2812-1.02070.30489.64627.05758.4405-0.2902-0.03560.0014-0.1987-0.16270.8327-0.5513-0.45480.45860.52210.0930.02140.35960.11430.41659.9218-84.5373-40.662
194.8278-0.8928-1.58342.988-0.62563.24990.35760.22020.4016-0.1634-0.2363-0.37850.17530.2172-0.13480.39250.0699-0.00720.30320.03560.459420.3244-77.1153-49.3988
206.23570.05994.4324.03251.71878.00640.75960.5452-0.312-0.7876-0.3009-0.07820.2651-0.0138-0.50640.69320.1849-0.02390.34350.0260.423215.9644-74.4891-60.4105
219.1985-4.84740.09496.1401-1.43266.42490.31280.48760.91850.9214-0.3317-0.051-0.2595-0.5511-0.12070.70720.0660.08090.453-0.0330.3859-6.0837-52.0187-28.8191
228.1138-3.4491-0.61925.24224.07153.8280.2116-0.51650.04471.0762-0.229-0.3990.2957-0.11150.28160.73410.01640.03110.59990.06160.3435-3.3193-60.8828-22.8429
232.76511.55983.17094.49534.95046.4328-0.5637-0.35220.4970.54960.52080.9635-0.5345-0.4023-0.03590.62230.10810.11550.67930.1020.4121-14.1085-57.0404-25.1868
249.35926.1297-6.29396.338-5.12934.3927-0.09310.17480.07950.19030.1356-0.10190.3056-0.2853-0.11210.46150.0415-0.03380.3923-0.00010.28280.6488-56.352-38.125
250.4251-1.4441-1.49796.12027.48329.73670.7228-0.81311.4522-0.5698-0.62760.3798-1.6865-1.8039-0.90850.85510.19370.11940.7398-0.09020.974514.544-46.7628-50.1278
263.66821.2624-3.2054.5595-2.32598.14340.3350.19960.27160.73620.48240.1853-0.29470.1693-0.46340.3735-0.0245-0.02060.28760.00960.441616.2679-53.962-49.4125
277.80065.023-0.96594.0683-1.50396.87180.0231-0.2218-0.24291.23730.2563-0.4339-0.171-0.0247-0.17440.47570.1507-0.01840.39940.03080.34887.2721-64.3-35.2696
283.92782.3416-3.04083.7447-3.52797.51220.02450.2393-0.058-0.1316-0.0391-0.08660.0398-0.2074-0.02670.29940.05230.00450.27820.00790.2915.8754-60.5324-53.1323
296.2639-4.49293.83536.556-4.91667.3643-0.2687-0.2170.20060.49280.0944-0.1837-0.7177-0.00970.05440.36610.03380.01550.2643-0.01980.346213.3345-67.322-48.5767
303.7705-2.60322.8898.45830.51753.301-0.072-0.27340.17330.60090.1531-0.61850.06570.4045-0.54140.37820.0760.03680.4630.08140.596223.1744-63.888-49.4483
310.5751-0.08811.51115.98690.4655.62250.0558-0.2354-0.24111.2219-0.299-0.1315-0.0184-0.48550.14340.4588-0.03150.08030.6630.11840.511212.1094-104.9232-16.2893
326.47-5.4613-0.62599.14493.6974.9584-0.8255-0.0453-0.05161.71840.19840.24450.0716-0.2530.48480.7620.05890.03550.60130.17320.544313.596-105.0652-14.4862
337.5292-3.9204-0.74583.8865-1.78265.00150.0630.7268-0.219-0.551-0.07150.47810.4567-0.1856-0.04120.5389-0.0699-0.07660.40520.03510.3856-16.1413-69.6791-16.2853
344.3647-2.7852-2.97967.59530.05728.5704-0.35650.4624-0.0806-0.11690.02570.11070.70.19410.3850.4911-0.0284-0.04360.54310.1070.3679-15.8289-68.2773-18.0085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 169 through 192 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 73 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 74 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 91 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 92 through 111 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 112 through 138 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 139 through 166 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 167 through 174 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 175 through 192 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 38 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 39 through 91 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 92 through 111 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 112 through 174 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 175 through 192 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 4 through 24 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 25 through 38 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 39 through 51 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 52 through 73 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 74 through 78 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 79 through 91 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 92 through 111 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 112 through 147 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 148 through 168 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 169 through 192 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 1 through 14 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 1 through 14 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 1 through 14 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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