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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vj8 | ||||||
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タイトル | Backbone structure of the Yersinia pestis outer membrane protein Ail in phospholipid bilayer nanodisc | ||||||
要素 | Adhesion invasion locus | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Adhesion invasion locus / Nanodisc / beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Dutta, S.K. / Yong, Y. / Marassi, F.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2017 タイトル: Structural Insights into the Yersinia pestis Outer Membrane Protein Ail in Lipid Bilayers. 著者: Dutta, S.K. / Yao, Y. / Marassi, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vj8.cif.gz | 477.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vj8.ent.gz | 399.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vj8_validation.pdf.gz | 523.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vj8_full_validation.pdf.gz | 607.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vj8_validation.xml.gz | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vj8_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/5vj8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17492.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: AVJ24_14645, AVO31_14870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A154RMF1, UniProt: A0A5P8YI02*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: membrane 内容: 0.66 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Ail, 49.5 mM DMPC, 16.5 mM DMPG, 5 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O 詳細: Reconstituted in DMPC:DMPG (3:1) lipid bilayer MSP1D2D5 nanodisc Label: 15N, 13C, 2H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |