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- PDB-5vj0: Crystal Structure of heme-containing DyP Type Peroxidase from Ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vj0
タイトルCrystal Structure of heme-containing DyP Type Peroxidase from Enterobacter lignolyticus
要素Dyp-type peroxidase family
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enterobacter lignolyticus / Peroxidase / Heme / Lignin
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dyp-type peroxidase family
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Meekins, D.A. / Li, P. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117259 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121511 米国
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Mechanistic Insights into Dye-Decolorizing Peroxidase Revealed by Solvent Isotope and Viscosity Effects.
著者: Shrestha, R. / Huang, G. / Meekins, D.A. / Geisbrecht, B.V. / Li, P.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase family
B: Dyp-type peroxidase family
C: Dyp-type peroxidase family
D: Dyp-type peroxidase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1498
ポリマ－141,6834
非ポリマー2,4664
水20,5731142
1
A: Dyp-type peroxidase family
B: Dyp-type peroxidase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0754
ポリマ－70,8422
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
2
C: Dyp-type peroxidase family
D: Dyp-type peroxidase family
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein Exists as a Dimer in Solution, According to Analytical Gel-Filtration Chromatography. EBI-PISA Interface/Assembly Analysis Suggests Biological Dimer is Comprised of Chains A/B and C/D
  • 72.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0754
ポリマ－70,8422
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 74.160, 118.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dyp-type peroxidase family


分子量: 35420.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter lignolyticus (バクテリア)
遺伝子: YfeX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E3G9I4
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.3, 25% (v/v) PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射モノクロメーター: Si (220) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43.449 Å / Num. obs: 92368 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.755 % / Biso Wilson estimate: 23.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 19.45 / Num. measured all: 716348 / Scaling rejects: 79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.93-1.987.8380.6083.8352821695767390.9180.65196.9
1.98-2.037.8320.4594.9151364676565580.9550.49196.9
2.03-2.097.8260.3935.7849998657663890.9610.42197.2
2.09-2.167.8270.326.8548757640462290.9720.34397.3
2.16-2.237.8250.2618.2547121617960220.9810.27997.5
2.23-2.317.820.2119.9245739600158490.9860.22697.5
2.31-2.397.8160.18311.3244075576556390.990.19697.8
2.39-2.497.8070.15113.1942633557654610.9920.16297.9
2.49-2.67.7980.12415.6540908535152460.9950.13398
2.6-2.737.7850.10118.5839203512850360.9960.10898.2
2.73-2.887.7790.08122.2537128485347730.9980.08798.4
2.88-3.057.750.06526.6335268461545510.9980.0798.6
3.05-3.267.7360.05531.3433024433342690.9990.05898.5
3.26-3.527.6720.04637.1830697404740010.9990.04998.9
3.52-3.867.6470.03941.8628096371036740.9990.04299
3.86-4.327.5970.03546.4725443338133490.9990.03799.1
4.32-4.987.5690.03349.2322518299929750.9990.03599.2
4.98-6.17.5440.03447.1219078254525290.9990.03799.4
6.1-8.637.4060.03448.5414545197819640.9990.03699.3
8.63-43.4497.1140.03253.17932113411150.9980.03598.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DE0

5de0


解像度: 1.93→43.449 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1992 2.25 %
Rwork0.1726 86634 -
obs0.1733 88626 94.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.11 Å2 / Biso mean: 30.3995 Å2 / Biso min: 10.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→43.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9290 0 172 1142 10604
Biso mean--24.39 34.01 -
残基数----1194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84713149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9233475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.93-1.97820.28571340.23685542567684
1.9782-2.03170.24021310.21995760589188
2.0317-2.09150.22721400.21225867600790
2.0915-2.1590.23411380.20636042618092
2.159-2.23620.24131380.19865994613292
2.2362-2.32570.22131420.19366107624993
2.3257-2.43150.23341430.1926167631094
2.4315-2.55970.22931440.19566260640495
2.5597-2.72010.22791420.19186329647196
2.7201-2.93010.23161420.18926369651197
2.9301-3.22480.22831490.18666433658298
3.2248-3.69130.19271450.16386508665399
3.6913-4.64970.15221500.13096566671699
4.6497-43.45990.15651540.14366690684499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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