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Yorodumi- PDB-5ve7: Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ve7 | ||||||
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Title | Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia ambifaria in complex with UTP | ||||||
Components | UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia ambifaria / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP / alpha-D-glucose / 1-phosphate / diphosphate / UDP-glucose / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia ambifaria (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia ambifaria in complex with UTP Authors: Abendroth, J. / Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ve7.cif.gz | 132.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ve7.ent.gz | 100.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ve7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ve7_validation.pdf.gz | 796.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ve7_full_validation.pdf.gz | 797.7 KB | Display | |
Data in XML | 5ve7_validation.xml.gz | 14.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5ve7_validation.cif.gz | 20.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5vctS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33297.309 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: BuamA.00118.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (bacteria) Strain: MC40-6 / Gene: BamMC406_1359 / Plasmid: BuamA.00116.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: B1YNX3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-UTP / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 63.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.07 Details: Optimization screen around RigakuReagents JCSG B9: 100mM Sodium citrate / citric acid pH 5.07, 18.73% PEG 6000, BuamA.00118.a.B1.PS37963 at 45.5 mg/ml + 3mM GTP (BSI1746) + 3mM Glucose-1- ...Details: Optimization screen around RigakuReagents JCSG B9: 100mM Sodium citrate / citric acid pH 5.07, 18.73% PEG 6000, BuamA.00118.a.B1.PS37963 at 45.5 mg/ml + 3mM GTP (BSI1746) + 3mM Glucose-1-phosphate (BSI 1952) + 3mM MgCl2, tray 289280h3: cryo: 25% EG in 3 steps: puck kzj0-7. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: RIKGAU VARIMAX / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 19325 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.055 % / Biso Wilson estimate: 31.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 20.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: native structure, 5vct Resolution: 2.3→39.092 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.03
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.43 Å2 / Biso mean: 40.4692 Å2 / Biso min: 12.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→39.092 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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