PDB-5ve3: Crystal structure of wild-type persulfide dioxygenase-rhodanese f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ve3

タイトル

Crystal structure of wild-type persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein from Burkholderia phytofirmans

要素

BpPRF

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / persulfide dioxygenase / rhodanese

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paraburkholderia phytofirmans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Motl, N. / Skiba, M.A. / Smith, J.L. / Banerjee, R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM112455	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008353	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical analyses indicate that a bacterial persulfide dioxygenase-rhodanese fusion protein functions in sulfur assimilation.
著者: Motl, N. / Skiba, M.A. / Kabil, O. / Smith, J.L. / Banerjee, R.

履歴

登録	2017年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ve3.cif.gz	301.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ve3.ent.gz	242.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ve3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ve3_validation.pdf.gz	437 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ve3_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	5ve3_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	5ve3_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5ve3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ve4C 5ve5C 3tp9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ve4-1 5ve5-1 5ve4-2 5ve5-3 5a5c-4 6xhg-d 4fu4-2 1u3f-d 5ik8-2 6k1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

B: BpPRF

A: BpPRF

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: BpPRF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: BpPRF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.689, 108.333, 119.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BpPRF / Beta-lactamase domain protein 分子量: 41294.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN) (バクテリア) 株: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / 遺伝子: Bphyt_4191 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B2TEQ2, persulfide dioxygenase, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 10% PEG8000, 5 mM thiosulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月6日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→43.598 Å / Num. obs: 78090 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.386 % / B_iso Wilson estimate: 28.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 1.132 / Net I/σ(I): 14.55 / Num. measured all: 967249

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.79-1.9	9.991	1.429	1.36	122016	12530	12212	0.615	1.505	97.5
1.9-2.03	13.109	0.945	2.9	154143	11760	11759	0.891	0.984	100
2.03-2.19	12.791	0.532	5.51	140602	10992	10992	0.966	0.554	100
2.19-2.4	13.382	0.32	9.05	135358	10115	10115	0.986	0.333	100
2.4-2.69	12.995	0.195	13.4	119608	9204	9204	0.994	0.203	100
2.69-3.1	13.363	0.116	21.76	109160	8169	8169	0.997	0.121	100
3.1-3.79	12.301	0.07	34.61	85467	6948	6948	0.998	0.073	100
3.79-5.34	11.715	0.054	44.31	64070	5470	5469	0.999	0.056	100
5.34-43.598	11.429	0.045	46.33	36825	3234	3222	0.999	0.047	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3TP9

3tp9

解像度: 1.793→43.598 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	3832	2.57 %
R_work	0.1606	145394	-
obs	0.1616	77984	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.21 Å² / B_iso mean: 38.2323 Å² / B_iso min: 18.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.793→43.598 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5418	0	2	511	5931
B_iso mean	-	-	28.95	44.31	-
残基数	-	-	-	-	696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	7715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	866
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.398	3393

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7927-1.8154	0.3695	121	0.3776	4701	4822	86
1.8154-1.8393	0.3674	142	0.3503	5417	5559	100
1.8393-1.8645	0.3196	140	0.3196	5430	5570	100
1.8645-1.8911	0.3174	143	0.306	5334	5477	100
1.8911-1.9193	0.3102	146	0.2999	5463	5609	100
1.9193-1.9493	0.2988	142	0.2907	5366	5508	100
1.9493-1.9813	0.3093	141	0.2794	5454	5595	100
1.9813-2.0154	0.2902	143	0.2404	5428	5571	100
2.0154-2.0521	0.2941	140	0.2241	5411	5551	100
2.0521-2.0915	0.2734	144	0.2123	5377	5521	100
2.0915-2.1342	0.2305	140	0.1935	5404	5544	100
2.1342-2.1806	0.2168	145	0.1833	5425	5570	100
2.1806-2.2314	0.2312	144	0.1731	5403	5547	100
2.2314-2.2872	0.2335	142	0.167	5452	5594	100
2.2872-2.349	0.2162	136	0.1587	5404	5540	100
2.349-2.4181	0.1904	143	0.1554	5396	5539	100
2.4181-2.4962	0.2176	145	0.1515	5395	5540	100
2.4962-2.5854	0.1643	146	0.1462	5417	5563	100
2.5854-2.6889	0.182	142	0.1464	5429	5571	100
2.6889-2.8112	0.1862	138	0.149	5414	5552	100
2.8112-2.9594	0.1783	146	0.1563	5393	5539	100
2.9594-3.1448	0.2296	145	0.1591	5431	5576	100
3.1448-3.3875	0.2093	143	0.1467	5422	5565	100
3.3875-3.7282	0.166	142	0.1423	5397	5539	100
3.7282-4.2673	0.1506	142	0.1173	5421	5563	100
4.2673-5.3748	0.1222	143	0.1099	5412	5555	100
5.3748-43.611	0.1663	148	0.1368	5398	5546	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7481	-0.0758	0.1924	2.6749	-0.7725	1.8421	0.0704	0.0576	-0.1331	-0.2068	-0.016	0.0756	0.253	0.0148	-0.0513	0.2391	-0.0022	-0.0248	0.2265	-0.017	0.2425	0.3207	28.7889	13.8198
2	6.9532	4.1673	-0.1678	8.2121	0.248	6.0474	0.0737	0.4061	-0.0462	-0.1945	-0.223	-0.8811	0.467	0.6045	0.1474	0.3551	0.1469	0.0036	0.4273	0.0463	0.348	15.1115	27.1687	3.4813
3	1.828	-1.7488	3.526	1.617	-3.2831	6.8602	0.3645	0.4111	-0.06	-0.7009	-0.2813	0.125	0.8187	0.7412	-0.0373	0.4005	0.0481	-0.0093	0.3393	-0.0229	0.2751	14.2445	8.0964	26.6787
4	6.7557	6.7228	5.325	8.49	5.7623	4.322	0.1069	-0.1193	-0.2083	0.4473	-0.05	-0.3699	0.2158	0.0734	-0.1039	0.2944	0.0803	-0.0379	0.2679	0.0359	0.3083	21.3467	0.5086	45.6309
5	8.4611	3.0531	-0.9889	5.6767	-0.6227	4.0475	-0.0469	0.415	0.0222	-0.1396	0.0132	-0.4166	0.0096	0.3801	0.0424	0.2135	0.0296	-0.0429	0.2273	0.0176	0.2072	22.2341	6.2567	40.7767
6	8.9836	-6.6375	-1.4402	6.559	0.6678	4.774	0.1017	0.0323	-0.2094	0.0502	-0.0365	0.2293	-0.1959	0.0005	-0.0836	0.2054	-0.0456	-0.0229	0.127	0.018	0.15	3.8726	39.7607	30.6523
7	8.0791	-1.6226	3.3062	1.3594	-1.075	3.7781	-0.1396	0.1306	0.1159	0.2377	0.0522	-0.0403	-0.4312	0.1151	0.0863	0.3487	-0.0379	-0.0096	0.1509	-0.0092	0.205	7.089	47.0903	33.2078
8	7.8949	-4.9162	5.6333	8.8745	-8.2284	8.9882	-0.0056	0.1931	0.3844	0.3444	0.0566	-0.2863	-0.5549	0.1567	-0.0811	0.4532	-0.0498	-0.0452	0.174	-0.0796	0.2362	10.7636	52.2318	40.2154
9	1.2306	-0.7002	0.6846	2.4992	-0.48	2.2996	-0.0424	-0.1361	-0.0478	0.3546	0.1199	0.0368	-0.1781	-0.0244	-0.0816	0.2594	-0.0112	0.0182	0.1934	0.0158	0.1808	6.9888	33.7629	44.1029
10	2.7747	2.066	0.2688	5.566	-1.5542	2.1837	-0.0154	0.0046	-0.2953	0.0308	-0.058	-0.5384	0.0046	0.2505	0.0882	0.268	0.0138	0.0046	0.2692	-0.0178	0.2257	16.9049	25.7956	43.3152
11	0.1002	0.5466	-0.606	3.5116	-4.7424	6.8019	0.0871	-0.0242	0.0255	0.4344	0.0061	-0.1063	-0.7275	0.4085	-0.0143	0.2997	-0.0535	0.0456	0.3037	-0.0283	0.2876	13.2108	57.2618	21.8272
12	5.6276	-1.1075	-1.9761	3.1379	0.6769	4.4887	0.0928	-0.0488	0.2897	-0.1784	-0.0071	-0.1174	-0.1639	0.1732	-0.0642	0.2542	-0.0346	0.0299	0.1871	0.0278	0.2063	11.6876	61.66	4.6975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid -2 through 209 )	B	-2 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 210 through 227 )	B	210 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 228 through 257 )	B	228 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 258 through 293 )	B	258 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 294 through 353 )	B	294 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid -2 through 21 )	A	-2 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 22 through 66 )	A	22 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 67 through 84 )	A	67 - 84
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 85 through 183 )	A	85 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 184 through 227 )	A	184 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 228 through 257 )	A	228 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 258 through 353 )	A	258 - 353

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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