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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vcc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CYP3A4 bound to glycerol | ||||||
![]() | Cytochrome P450 3A4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / CYP3A4 / monooxygenase / glycerol | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / : / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-Level Production and Properties of the Cysteine-Depleted Cytochrome P450 3A4. 著者: Sevrioukova, I.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 847.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 856.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55757.812 Da / 分子数: 1 / 変異: 3-22 fragment deletion; C-terminal 4-histidine tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.157, EC: 1.14.13.32, unspecific monooxygenase, EC: 1.14.13.67, EC: 1.14.13.97 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MA are the first two residues, fragment 3-22 deleted | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→44.82 Å / Num. obs: 55451 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured obs: 8108 / CC1/2: 0.514 / Rpim(I) all: 0.481 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TQN 解像度: 1.7→40.622 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.622 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.1556 Å / Origin y: -26.1392 Å / Origin z: -14.7215 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |