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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vbk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a galactose-binding Lectin from Mytilus californianus | ||||||
要素 | Lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Galactose-Binding Lectin | ||||||
機能・相同性 | galactose binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / Galactose-binding lectin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mytilus californianus (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.788 Å | ||||||
データ登録者 | Hernandez-Santoyo, A. / Garcia-Maldonado, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2017 タイトル: Molecular and functional characterization of a glycosylated Galactose-Binding lectin from Mytilus californianus. 著者: Garcia-Maldonado, E. / Cano-Sanchez, P. / Hernandez-Santoyo, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vbk.cif.gz | 78.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vbk.ent.gz | 58.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vbk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3wmvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16943.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mytilus californianus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0P0E482 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 101 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 26332 / % possible obs: 95.06 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.85 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 28.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WMV 解像度: 1.788→35.088 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.36
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.788→35.088 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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