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- PDB-5va4: TRIM-Cyclophilin A B-box 2 and coiled-coil chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5va4
タイトルTRIM-Cyclophilin A B-box 2 and coiled-coil chimera
要素TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein
キーワードLIGASE / B-box / trimer / self-assembly / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine binding / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / tRNA binding ...selenocysteine biosynthetic process / serine binding / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / tRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) ...Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Aotus trivirgatus (ヨザル)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.306 Å
データ登録者Wagner, J.M. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM112508 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM115007 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: General Model for Retroviral Capsid Pattern Recognition by TRIM5 Proteins.
著者: Wagner, J.M. / Christensen, D.E. / Bhattacharya, A. / Dawidziak, D.M. / Roganowicz, M.D. / Wan, Y. / Pumroy, R.A. / Demeler, B. / Ivanov, D.N. / Ganser-Pornillos, B.K. / Sundquist, W.I. / Pornillos, O.
履歴
登録2017年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3364
ポリマ－16,1401
非ポリマー1963
水45025
1
A: TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein
ヘテロ分子

A: TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein
ヘテロ分子

A: TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,00712
ポリマ－48,4193
非ポリマー5899
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area2920 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.596, 104.596, 104.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 TRIM5/cyclophilin A V4 fusion protein / Seryl-tRNA synthetase / SerRS


分子量: 16139.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a chimera between TRIM5 sequence taken from TRIM-Cyclophilin A, and a bacterial tRNA synthetase sequence.
由来: (組換発現) Aotus trivirgatus (ヨザル), (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: serS, TT_C0520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q68KK2, UniProt: P34945, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % / 解説: cubes or prisms
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 3350, 0.4 M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: cryo stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 8544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / Rpim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.5 % / Num. unique obs: 1281 / Rpim(I) all: 0.681 / Rsym value: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EIU

5eiu


解像度: 2.306→27.954 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 862 10.09 %
Rwork0.2305 --
obs0.2364 8544 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.306→27.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 3 25 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3751324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.365614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3056-2.450.34981440.30711281X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.63910.33261400.30511262X-RAY DIFFRACTION100
2.6391-2.90440.33961430.29751275X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-3.32410.35241370.28321263X-RAY DIFFRACTION100
3.3241-4.18570.25791500.23211300X-RAY DIFFRACTION100
4.1857-27.95650.27651480.20081301X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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