[日本語] English
万見
- PDB-5v8c: LytR-Csp2A-Psr enzyme from Actinomyces oris -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8c
タイトルLytR-Csp2A-Psr enzyme from Actinomyces oris
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / LCP / LytR-Cps2A-Psr / protein glycosylation / Gram positive surface glycosylation
機能・相同性Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / membrane => GO:0016020 / : / PHOSPHATE ION / Transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Actinomyces oris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Amer, B.R. / Sawaya, M.R. / Liauw, B. / Fu, J.Y. / Ton-That, H. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: Structure and Mechanism of LcpA, a Phosphotransferase That Mediates Glycosylation of a Gram-Positive Bacterial Cell Wall-Anchored Protein.
著者: Siegel, S.D. / Amer, B.R. / Wu, C. / Sawaya, M.R. / Gosschalk, J.E. / Clubb, R.T. / Ton-That, H.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4734
ポリマ－30,9651
非ポリマー5083
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.850, 69.070, 82.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 30964.828 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 71-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Actinomyces oris (バクテリア) / 遺伝子: AXE84_08820 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0X8K2V1
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5, 25% PEG4000, 20% 2-propanol, 5 mM DTT, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→52.83 Å / Num. obs: 8332 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.354 % / Biso Wilson estimate: 89.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.37
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.51-2.576.3091.0141.585720.7561.10593.5
2.57-2.646.6780.8572.065740.8820.929100
2.64-2.726.3650.6882.485870.9090.74999.8
2.72-2.86.3020.5363.45500.9470.58599.1
2.8-2.896.3690.4024.475420.9520.43799.4
2.89-2.996.8130.2676.685250.9830.28999.6
2.99-3.116.6350.1789.625130.9920.193100
3.11-3.236.5020.12412.064860.9960.135100
3.23-3.386.2840.09515.914900.9980.10399.8
3.38-3.546.0570.08118.514380.9950.08897.6
3.54-3.736.5050.06123.444360.9970.06699.8
3.73-3.966.5250.05527.24130.9980.06100
3.96-4.236.2930.04729.293930.9980.052100
4.23-4.575.9580.04333.33570.9980.04897.3
4.57-5.016.5610.03936.443350.9990.042100
5.01-5.66.3180.0435.693080.9980.044100
5.6-6.475.9240.0435.752750.9980.044100
6.47-7.925.8330.03737.762340.9980.04196.7
7.92-11.25.8650.04239.071920.9980.04699
11.2-52.835.1520.04537.041120.9970.0594.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.51→52.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 1.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.418 / SU Rfree Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.335
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 416 5.01 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 8302 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 188.51 Å2 / Biso mean: 98.01 Å2 / Biso min: 63.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.845 Å20 Å20 Å2
2---0.049 Å20 Å2
3---18.894 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→52.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 30 6 1990
Biso mean--119.89 79.28 -
残基数----272
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d683SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2017HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2278SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2017HARMONIC30.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2751HARMONIC30.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.23
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 115 5.03 %
Rwork0.2528 2171 -
all0.2554 2286 -
obs--98.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.6784 Å / Origin y: 4.3011 Å / Origin z: 7.7936 Å
111213212223313233
T-0.0869 Å20.0095 Å20.0089 Å2--0.0449 Å2-0.0058 Å2---0.1204 Å2
L1.2799 °2-0.217 °2-0.06 °2-1.308 °2-0.9087 °2--4.051 °2
S-0.126 Å °0.1342 Å °0.0381 Å °0.1384 Å °0.0696 Å °0.0016 Å °0.6926 Å °0.2548 Å °0.0564 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|78 - A|368 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る