+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v8c | ||||||
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Title | LytR-Csp2A-Psr enzyme from Actinomyces oris | ||||||
Components | Transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / LCP / LytR-Cps2A-Psr / protein glycosylation / Gram positive surface glycosylation | ||||||
Function / homology | Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / membrane => GO:0016020 / : / PHOSPHATE ION / Transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Actinomyces oris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Amer, B.R. / Sawaya, M.R. / Liauw, B. / Fu, J.Y. / Ton-That, H. / Clubb, R.T. | ||||||
Citation | Journal: MBio / Year: 2019 Title: Structure and Mechanism of LcpA, a Phosphotransferase That Mediates Glycosylation of a Gram-Positive Bacterial Cell Wall-Anchored Protein. Authors: Siegel, S.D. / Amer, B.R. / Wu, C. / Sawaya, M.R. / Gosschalk, J.E. / Clubb, R.T. / Ton-That, H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v8c.cif.gz | 109.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v8c.ent.gz | 86.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v8c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v8c_validation.pdf.gz | 598 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v8c_full_validation.pdf.gz | 602.4 KB | Display | |
Data in XML | 5v8c_validation.xml.gz | 12.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5v8c_validation.cif.gz | 15.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30964.828 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 71-363 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Actinomyces oris (bacteria) / Gene: AXE84_08820 / Plasmid: pSUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0X8K2V1 |
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#2: Chemical | ChemComp-CO / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-PE4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M sodium citrate pH 5.5, 25% PEG4000, 20% 2-propanol, 5 mM DTT, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.51→52.83 Å / Num. obs: 8332 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.354 % / Biso Wilson estimate: 89.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.51→52.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 1.381 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.418 / SU Rfree Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.335
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Displacement parameters | Biso max: 188.51 Å2 / Biso mean: 98.01 Å2 / Biso min: 63.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.51→52.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.51→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.6784 Å / Origin y: 4.3011 Å / Origin z: 7.7936 Å
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Refinement TLS group | Selection details: { A|78 - A|368 } |