- PDB-5v85: The crystal structure of the protein of DegV family COG1307 from ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5v85
タイトル
The crystal structure of the protein of DegV family COG1307 from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 (alternative refinement of PDB 3JR7 with Vaccenic acid)
要素
EDD domain protein, DegV family
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / DEGV / GUT MICROBIOME / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / C18:1 / Vaccenic acid
This entry reflects an alternative modeling of the original data in 3JR7, determined by R.ZHANG,C. ...This entry reflects an alternative modeling of the original data in 3JR7, determined by R.ZHANG,C.HATZOS,S.CLANCY,A.JOACHIMIAK,MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS (MCSG)
温度: 289 K / 詳細: THIS IS UNALTERED ORIGINAL DATA FROM ENTRY 3JR7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 10%PEG3000, PH 4.2
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K / 詳細: THIS IS UNALTERED ORIGINAL DATA FROM ENTRY 3JR7
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 詳細: THIS IS UNALTERED ORIGINAL DATA FROM ENTRY 3JR7 / 波長: 0.97915 Å
検出器
タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日 / 詳細: THIS IS UNALTERED ORIGINAL DATA FROM ENTRY 3JR7
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→83.92 Å / Num. obs: 58785 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / 詳細: THIS IS UNALTERED ORIGINAL DATA FROM ENTRY 3JR7 / Net I/σ(I): 17.85
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
(dev_2614: ???)
精密化
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.003→29.887 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.2
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.1977
2970
5.05 %
Rwork
0.1685
-
-
obs
0.1699
58785
99.44 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.003→29.887 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
4287
0
62
609
4958
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
X-RAY DIFFRACTION
f_bond_d
0.003
4503
X-RAY DIFFRACTION
f_angle_d
0.533
6068
X-RAY DIFFRACTION
f_dihedral_angle_d
6.423
3771
X-RAY DIFFRACTION
f_chiral_restr
0.044
686
X-RAY DIFFRACTION
f_plane_restr
0.003
784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)
Rfactor Rfree
Num. reflection Rfree
Rfactor Rwork
Num. reflection Rwork
Refine-ID
% reflection obs (%)
2.0028-2.0356
0.2782
135
0.228
2637
X-RAY DIFFRACTION
99
2.0356-2.0707
0.2372
139
0.1961
2640
X-RAY DIFFRACTION
100
2.0707-2.1084
0.2107
137
0.1854
2644
X-RAY DIFFRACTION
100
2.1084-2.1489
0.2107
129
0.1756
2657
X-RAY DIFFRACTION
100
2.1489-2.1928
0.224
153
0.1831
2624
X-RAY DIFFRACTION
100
2.1928-2.2404
0.2084
128
0.1785
2623
X-RAY DIFFRACTION
100
2.2404-2.2925
0.2401
152
0.1785
2634
X-RAY DIFFRACTION
100
2.2925-2.3498
0.2407
140
0.1789
2642
X-RAY DIFFRACTION
100
2.3498-2.4133
0.1889
140
0.1758
2655
X-RAY DIFFRACTION
100
2.4133-2.4843
0.1926
135
0.1725
2661
X-RAY DIFFRACTION
100
2.4843-2.5645
0.2097
138
0.1758
2640
X-RAY DIFFRACTION
100
2.5645-2.6561
0.2118
148
0.1775
2642
X-RAY DIFFRACTION
100
2.6561-2.7623
0.226
160
0.1812
2649
X-RAY DIFFRACTION
100
2.7623-2.888
0.226
123
0.1905
2677
X-RAY DIFFRACTION
100
2.888-3.0401
0.2175
142
0.1747
2661
X-RAY DIFFRACTION
100
3.0401-3.2303
0.1917
167
0.1814
2642
X-RAY DIFFRACTION
99
3.2303-3.4794
0.2025
158
0.1595
2633
X-RAY DIFFRACTION
99
3.4794-3.8289
0.1925
136
0.1474
2681
X-RAY DIFFRACTION
99
3.8289-4.3815
0.1539
141
0.1353
2671
X-RAY DIFFRACTION
99
4.3815-5.5145
0.1557
142
0.1405
2704
X-RAY DIFFRACTION
98
5.5145-29.8903
0.1863
127
0.1884
2798
X-RAY DIFFRACTION
97
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 22.3722 Å / Origin y: 41.8283 Å / Origin z: 40.4923 Å