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- PDB-5v65: Crystal structure of macrocycles containing Abeta 17-23 (LV(PHI)F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v65
タイトルCrystal structure of macrocycles containing Abeta 17-23 (LV(PHI)FAED) and Abeta 30-36 (AII(SAR)L(ORN)V)
要素ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-hairpin / macrocycle
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Kreutzer, A.G. / Salveson, P.J. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: Org. Lett. / 年: 2017
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of a Compact Dodecamer from a Peptide Derived from A beta 16-36.
著者: Salveson, P.J. / Spencer, R.K. / Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
B: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
C: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
D: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
E: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
F: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
G: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
H: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
I: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
J: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
K: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
L: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
M: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
N: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
O: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL
P: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,49716
ポリマ－30,49716
非ポリマー00
水1,26170
1
A: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9061
ポリマ－1,9061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.719, 67.719, 169.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
ORN-LEU-VAL-PHI-PHE-ALA-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-MET-VAL


分子量: 1906.075 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6 24% Jeffamine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→33.86 Å / Num. obs: 9726 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6832 / Net I/σ(I): 240.79
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6704 / Mean I/σ(I) obs: 25.2 / Num. unique obs: 906 / % possible all: 98.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.52→33.86 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 33.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1825 9.83 %
Rwork0.222 --
obs0.228 18572 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 105 70 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9152720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2461344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.58810.30271380.3021095X-RAY DIFFRACTION84
2.5881-2.66420.35031110.3271202X-RAY DIFFRACTION87
2.6642-2.75020.41221350.30481287X-RAY DIFFRACTION92
2.7502-2.84850.39821380.28341255X-RAY DIFFRACTION93
2.8485-2.96240.32651540.26241230X-RAY DIFFRACTION93
2.9624-3.09720.37911330.24381335X-RAY DIFFRACTION95
3.0972-3.26040.35451430.27571284X-RAY DIFFRACTION95
3.2604-3.46450.39781490.24561318X-RAY DIFFRACTION98
3.4645-3.73170.27081310.2321348X-RAY DIFFRACTION99
3.7317-4.10660.24841510.17881334X-RAY DIFFRACTION99
4.1066-4.69960.18461400.16141368X-RAY DIFFRACTION99
4.6996-5.91610.18251460.16841350X-RAY DIFFRACTION99
5.9161-34.36530.27221560.20981341X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.4649-4.2718-2.41377.9632-4.06535.01780.3150.4981-0.0240.58170.3059-0.5444-0.13380.2961-0.46090.3157-0.1112-0.00150.3601-0.03110.413625.286746.7895101.2779
22.3913-0.4659-0.50565.9649-3.5947.8233-0.2125-0.43590.7941-0.7668-0.3639-0.4209-0.21030.5740.19120.2398-0.0505-0.04170.29720.09670.398719.120356.6429103.0368
35.92432.0715-4.87354.73132.79949.0730.659-0.45160.0167-0.13740.3849-0.0754-0.4030.6277-0.21360.3453-0.0439-0.11170.35720.03430.455624.243854.518492.8635
46.78990.785-3.02338.415-2.40911.8552-0.38270.83070.5525-0.3877-0.2232-0.3637-0.0392-0.62610.30020.25730.0537-0.07010.4170.01040.290214.717239.915291.106
55.331-4.4636-0.60095.3986-2.5877.85740.4516-0.2382-0.11690.2467-0.9910.12250.0142-0.42990.38540.331-0.0869-0.03610.3469-0.0150.25078.31645.020199.333
65.2062-2.88461.67933.07341.11353.9239-0.2139-0.13780.1765-0.2443-0.45030.57480.1820.15210.58290.3039-0.05230.01890.3813-0.00650.41389.849450.140989.2752
76.60530.5368-2.85358.5399-2.63479.112-0.6332-0.0018-0.1537-0.0570.2225-0.2362-0.8694-0.03140.28350.4795-0.0072-0.05940.5227-0.01750.2087-0.921245.679275.7009
88.0551.2576-0.40164.44373.49094.48920.1530.0192-0.3511-1.49220.025-0.3648-0.6194-0.95340.17430.6282-0.0502-0.10750.3688-0.03450.3461-5.057643.424860.3086
95.6757-0.8393-1.01614.83322.34434.4630.1298-0.54890.9367-0.4003-0.4426-0.9256-1.05-0.14710.36260.39470.0057-0.10260.24770.01190.42355.653964.4015110.7084
106.6816-2.60572.34877.61483.60595.2814-0.12650.4608-0.0421-0.2050.35070.0131-0.671-0.1246-0.29570.4308-0.06290.08410.16130.04390.3776-5.969664.8581112.4235
116.29831.6943-3.62658.08732.62943.79090.48110.30950.3357-0.250.16410.31760.00730.1155-0.6880.43820.0507-0.0320.29680.0410.32851.213167.8049120.8366
125.34143.0093-1.99536.3223-3.89834.2569-0.20510.0224-0.0541-0.3999-0.31580.2132-0.5485-0.04450.13860.3360.0332-0.10460.1542-0.05140.324.607553.1721124.3969
135.5551.2585-0.48744.13381.01523.88830.0812-0.22140.01910.3022-0.1157-0.25910.54120.234-0.88320.48550.1101-0.09240.30510.05260.1807-6.639552.2341122.5589
148.4597-3.752.89239.20194.36435.583-0.2848-0.4108-0.0886-0.2087-0.1508-0.20620.05530.06790.29890.3115-0.021-0.03750.21320.10150.23760.986449.2348114.3605
159.3459-2.456-3.9039.1602-3.97224.64730.0545-0.2878-0.2635-0.5917-0.30790.1933-0.3103-0.79850.28820.52290.0420.02340.4807-0.08320.2024-5.239243.1914138.0042
165.51330.2976-0.85434.12020.94434.53260.5547-0.52410.01290.5909-0.3130.58460.57570.42510.24730.4059-0.11840.00590.50740.06760.25596.272536.8913153.4032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 1 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 1 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 1 through 16 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 1 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 1 through 16 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'N' and (resid 1 through 16 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'O' and (resid 1 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'P' and resid ' 5 ' and name ' I ' and altloc ' '

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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