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- PDB-5v5k: Crystal structure of ferritin E65R mutant from hyperthermophilic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v5k
タイトルCrystal structure of ferritin E65R mutant from hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferritin / cage / ferroxidase / self-assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Roose, B.W. / Pulsipher, K.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)PD 09-6885 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Thermophilic Ferritin 24mer Assembly and Nanoparticle Encapsulation Modulated by Interdimer Electrostatic Repulsion.
著者: Pulsipher, K.W. / Villegas, J.A. / Roose, B.W. / Hicks, T.L. / Yoon, J. / Saven, J.G. / Dmochowski, I.J.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,0708
ポリマ－153,0708
非ポリマー00
水00
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,21124
ポリマ－459,21124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.730, 171.730, 171.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 3 - 164 / Label seq-ID: 1 - 162

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF
7chain GGG
8chain HHH

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要素

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 19133.781 Da / 分子数: 8 / 変異: E65R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pJ414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: O29424

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % / 解説: octahedral
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.45 M potassium phosphate monobasic, 0.3 M sodium phosphate monobasic, 5% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.49
反射解像度: 3.08→99.15 Å / Num. obs: 31499 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.08-3.2518.91.0560.571100
9.74-99.1516.90.0541199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S3Q

1s3q


解像度: 3.08→99.148 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 27.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 3056 5.05 %
Rwork0.2592 --
obs0.2646 31459 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.89 Å2 / Biso mean: 50.4977 Å2 / Biso min: 11.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.08→99.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 0 0 6440
残基数----1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0658968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2731288
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
12B3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
13C3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
14D3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
15E3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
16F3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
17G3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
18H3864X-RAY DIFFRACTION6.526TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0839-3.1370.37741580.32232899305795
3.137-3.1940.30381300.30752893302396
3.194-3.25540.31481380.29672877301595
3.2554-3.32180.29771760.30152852302894
3.3218-3.3940.33521000.28692915301597
3.394-3.47280.32651580.29372822298095
3.4728-3.55960.32191640.2792884304895
3.5596-3.65570.27891780.27762816299494
3.6557-3.76320.31761620.2772842300495
3.7632-3.88450.27441720.26472823299594
3.8845-4.02310.21941240.25592892301696
4.0231-4.18390.27621440.2482936308095
4.1839-4.3740.24851720.25082783295594
4.374-4.60410.231840.23672832301694
4.6041-4.89180.22351480.26572885303395
4.8918-5.26830.26651550.26922841299695
5.2683-5.79610.29351260.27692899302596
5.7961-6.62960.38211200.28862896301696
6.6296-8.33290.23221880.24142840302894
8.3329-34.34810.25791590.22332850300995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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