PDB-5v51: Crystal Structure of MpPR-1i Soaked with Selenourea for 10 min

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v51

タイトル

Crystal Structure of MpPR-1i Soaked with Selenourea for 10 min

要素

PR-1 protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / pathogenesis-related protein 1 / Cacao infection / selenourea

機能・相同性

SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / selenourea / PR-1 protein

機能・相同性情報

生物種

Moniliophthora perniciosa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Luo, Z. / Asojo, O.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of MpPR-1i, a SCP/TAPS protein from Moniliophthora perniciosa, the fungus that causes Witches' Broom Disease of Cacao.
著者: Baroni, R.M. / Luo, Z. / Darwiche, R. / Hudspeth, E.M. / Schneiter, R. / Pereira, G.A.G. / Mondego, J.M.C. / Asojo, O.A.

履歴

登録	2017年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v51.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v51.ent.gz	159.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v51_validation.pdf.gz	512.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v51_full_validation.pdf.gz	526.4 KB	表示
XML形式データ	5v51_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	5v51_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v50C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v50-1 5v50-4 1pun-d 5v50-3 5v50-5 6bi6-d 4zbg-d 1jb3-d 2xyk-2 6i20-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PR-1 protein

B: PR-1 protein

C: PR-1 protein

D: PR-1 protein

E: PR-1 protein

F: PR-1 protein

G: PR-1 protein

ヘテロ分子

138 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PR-1 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: PR-1 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.412, 81.905, 130.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	32 - 163
2	1	B	32 - 163
1	2	A	32 - 159
2	2	C	32 - 159
1	3	A	32 - 161
2	3	D	32 - 161
1	4	A	32 - 163
2	4	E	32 - 163
1	5	A	32 - 162
2	5	F	32 - 162
1	6	A	32 - 163
2	6	G	32 - 163
1	7	B	32 - 159
2	7	C	32 - 159
1	8	B	32 - 161
2	8	D	32 - 161
1	9	B	32 - 163
2	9	E	32 - 163
1	10	B	32 - 162
2	10	F	32 - 162
1	11	B	32 - 163
2	11	G	32 - 163
1	12	C	32 - 159
2	12	D	32 - 159
1	13	C	32 - 159
2	13	E	32 - 159
1	14	C	32 - 159
2	14	F	32 - 159
1	15	C	32 - 159
2	15	G	32 - 159
1	16	D	32 - 161
2	16	E	32 - 161
1	17	D	31 - 161
2	17	F	31 - 161
1	18	D	32 - 161
2	18	G	32 - 161
1	19	E	32 - 162
2	19	F	32 - 162
1	20	E	32 - 163
2	20	G	32 - 163
1	21	F	32 - 162
2	21	G	32 - 162

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	PR-1 protein 分子量: 19599.422 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moniliophthora perniciosa (菌類) / 遺伝子: PR-1i / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: H6U756
#2: 化合物	ChemComp-SEY / selenourea / セレノ尿素分子量: 123.016 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂Se
配列の詳細	Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLNLDLTTPFCNLPVNGSNDLDIR is the last exon which has ...Authors state that C-terminal sequence VRVPSLALLNLDLTTPFCNLPVNGSNDLDIR is the last exon which has not been included in UniProt H6U756.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium formate, 70 mM Bis-Tris prooane pH7.0, 21 mM zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 46260 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.122 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4495 / CC_1/2: 0.867 / R_pim(I) all: 0.471 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.92→45.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 13.558 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22835	1814	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18711	-	-	-
obs	0.18922	33097	74.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.086 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	-0 Å²	0.59 Å²
2-	-	1.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.92→45.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7279	0	36	0	7315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	7522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.888	10261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.133	5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.88	25.135	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.097	15	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.216	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.205	14.015	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.781	26.189	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.664	14.65	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.819	59.755	31610
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.917→2.992 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.42	58	-
R_work	0.344	882	-
obs	-	-	27.61 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)