PDB-5uzl: Brassica napus DGAT1 exosite

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzl

タイトル

Brassica napus DGAT1 exosite

要素

O-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

triglyceride biosynthetic process / diacylglycerol O-acyltransferase activity / chloroplast envelope / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Brassica napus (セイヨウアブラナ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Acedo, J.Z. / Vederas, J.C.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: Diacylglycerol Acyltransferase 1 Is Regulated by Its N-Terminal Domain in Response to Allosteric Effectors.
著者: Caldo, K.M.P. / Acedo, J.Z. / Panigrahi, R. / Vederas, J.C. / Weselake, R.J. / Lemieux, M.J.

履歴

登録	2017年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzl.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzl.ent.gz	208.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uzl_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uzl_full_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示
XML形式データ	5uzl_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	5uzl_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mlu-d 2klz-d 2kq5-d 5v2g-d 1u0p-d 5nww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30256Brassica napus DGAT1 exosite

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-acyltransferase

3.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	O-acyltransferase 分子量: 3877.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 81-113 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ) 遺伝子: BnaCnng52810D, GSBRNA2T00056829001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A078JH28, UniProt: K9LL63*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM NA BnaDGAT1 exosite, 25 mM NA sodium chloride, 30 mM NA sodium phosphate, 0.01 % NA DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: BnaDGAT1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	BnaDGAT1 exosite	NA	1
25 mM	sodium chloride	NA	1
30 mM	sodium phosphate	NA	1
0.01 %	DSS	NA	1

試料状態

イオン強度: 55 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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