PDB-5uy7: Crystal structure of a peptidoglycan glycosyltransferase from Bur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uy7

タイトル

Crystal structure of a peptidoglycan glycosyltransferase from Burkholderia ambifaria

要素

Peptidoglycan glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / penicillin-binding protein / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a peptidoglycan glycosyltransferase from Burkholderia ambifaria
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uy7.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uy7.ent.gz	108.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uy7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uy7_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uy7_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	5uy7_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5uy7_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6p52-1 6p53-1 4u3t-2 6p56-1 2wef-d 1z53-d 2v23-d 6p52-2 2o7r-d 1sbm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuamA.10647.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Peptidoglycan glycosyltransferase

ヘテロ分子

63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.800, 74.310, 137.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-703- SO4
2	1	A-705- SO4
3	1	A-705- SO4

#1: タンパク質	Peptidoglycan glycosyltransferase 分子量: 62563.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The authors suspect that the protein proteolyzed over the course of the crystallization experiment and they were left with the penicillin-binding protein domain only 由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_0482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1YSR8, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: BuamA.10647.a.B2.PS37954 at 23.88 mg/mL against MCSG1 screen condition E5 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, crystal tracking ID 282706e5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→40.658 Å / Num. obs: 42618 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.396 % / B_iso Wilson estimate: 20.72 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 19.47

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	7.427	0.461	3.92	3131	0.917	0.495	99.7
1.69-1.74	7.438	0.36	5.06	3035	0.955	0.387	99.9
1.74-1.79	7.43	0.29	6.36	2920	0.965	0.311	99.9
1.79-1.84	7.438	0.226	7.97	2872	0.98	0.242	100
1.84-1.91	7.436	0.173	10.38	2804	0.988	0.186	100
1.91-1.97	7.441	0.138	13.06	2712	0.991	0.148	100
1.97-2.05	7.438	0.115	15.35	2600	0.994	0.124	100
2.05-2.13	7.445	0.09	19.18	2507	0.996	0.097	100
2.13-2.22	7.444	0.079	21.88	2426	0.996	0.084	100
2.22-2.33	7.421	0.071	23.79	2306	0.997	0.076	100
2.33-2.46	7.431	0.066	26.05	2175	0.997	0.071	100
2.46-2.61	7.441	0.061	27.72	2094	0.998	0.065	100
2.61-2.79	7.417	0.057	29.88	1980	0.997	0.061	99.9
2.79-3.01	7.388	0.052	32.05	1836	0.998	0.056	100
3.01-3.3	7.39	0.049	35.12	1681	0.998	0.052	99.9
3.3-3.69	7.328	0.046	37.19	1541	0.998	0.049	100
3.69-4.26	7.276	0.045	37.84	1379	0.998	0.049	99.9
4.26-5.22	7.224	0.044	38.52	1169	0.997	0.048	99.9
5.22-7.38	7.08	0.045	37.63	924	0.998	0.048	99.7
7.38-40.658	6.437	0.046	36.26	526	0.996	0.05	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→40.658 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	2049	4.81 %
R_work	0.1588	-	-
obs	0.1602	42613	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.45 Å² / B_iso mean: 27.8883 Å² / B_iso min: 11.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→40.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2305	0	25	299	2629
B_iso mean	-	-	50	40	-
残基数	-	-	-	-	316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	3290
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	421
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.583	1424

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6883	0.2323	130	0.2199	2714	2844	100
1.6883-1.7306	0.2416	132	0.1935	2617	2749	100
1.7306-1.7774	0.2121	141	0.1812	2665	2806	100
1.7774-1.8297	0.2167	130	0.1715	2691	2821	100
1.8297-1.8887	0.1915	136	0.1624	2688	2824	100
1.8887-1.9562	0.1817	140	0.1624	2677	2817	100
1.9562-2.0345	0.2056	136	0.1668	2676	2812	100
2.0345-2.1271	0.1996	135	0.1568	2684	2819	100
2.1271-2.2393	0.1699	132	0.1531	2697	2829	100
2.2393-2.3796	0.1935	106	0.1563	2733	2839	100
2.3796-2.5633	0.1713	147	0.1603	2702	2849	100
2.5633-2.8211	0.1901	159	0.1632	2698	2857	100
2.8211-3.2292	0.1668	115	0.1642	2734	2849	100
3.2292-4.0679	0.1771	130	0.1433	2768	2898	100
4.0679-40.6699	0.1891	180	0.1537	2820	3000	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2861	-0.4454	-1.0288	3.02	-0.8675	4.2431	-0.0172	0.0551	0.053	0.1055	0.0714	0.1795	-0.2325	-0.4723	-0.0849	0.1415	0.0413	-0.0389	0.1278	-0.0054	0.1935	18.0075	26.4325	6.3898
2	4.6276	-0.5917	-2.0426	3.2292	-0.9129	4.5421	-0.0962	-0.1776	0.0737	-0.0714	0.093	0.0255	-0.2304	-0.1643	0.0469	0.0922	0.0299	-0.0249	0.1268	-0.0012	0.1419	25.6778	25.3879	7.6646
3	1.8905	-0.4752	0.0183	2.4581	-0.4138	1.8338	-0.1858	-0.1526	0.3994	0.237	0.0559	0.0818	-0.3639	-0.205	0.0205	0.186	0.0524	-0.0691	0.159	-0.0469	0.1901	35.1759	21.4067	15.5819
4	1.8934	0.1477	-0.4261	2.3146	-0.338	2.3632	-0.1382	-0.278	0.0294	0.3325	0.0515	-0.2105	0.0888	0.0993	0.1073	0.1675	0.0627	-0.0283	0.195	0.0004	0.1375	43.4623	6.1115	21.3223
5	1.6708	-0.94	-1.1813	4.3145	-0.5103	1.2079	-0.0948	0.1421	0.8246	-0.4149	-0.1732	-0.6264	-0.4084	0.2248	0.1194	0.3181	0.0072	-0.0894	0.1842	0.0095	0.4361	41.1659	30.0241	12.4868
6	1.6313	-0.2024	0.4299	1.7153	-0.0918	1.9073	-0.1825	-0.286	0.3772	0.3361	0.089	-0.322	-0.1897	0.1086	0.1201	0.1932	0.0214	-0.0819	0.1832	-0.0572	0.2668	42.9149	19.2016	17.9684
7	2.4416	-1.8271	0.8595	2.4615	-0.5496	0.7084	0.2315	0.4998	0.3054	-0.691	-0.2837	-0.2524	-0.1307	0.1359	0.0544	0.3194	0.0193	0.044	0.2345	0.051	0.2434	39.6197	21.8457	-2.4073
8	3.9688	-0.6767	0.0103	2.46	0.0396	1.4492	-0.0329	-0.092	-0.2994	0.0577	0.011	0.1937	0.1245	-0.0353	0.0614	0.1465	0.0084	0.0049	0.1045	0.0075	0.1444	29.3662	5.8881	8.989
9	2.3294	-0.4855	-0.1399	2.7783	0.8101	4.3283	-0.1098	-0.4312	0.0635	0.3694	0.1539	-0.0818	-0.0604	-0.0994	-0.0141	0.1317	0.0441	-0.0197	0.1908	0.0016	0.1275	27.3366	17.4969	15.2335
10	1.9918	-0.5315	-0.6529	2.204	0.0879	4.8501	-0.024	-0.134	-0.2017	0.0989	0.0454	0.2335	0.1633	-0.2482	0.0214	0.1231	0.0199	0.0046	0.1803	0.0078	0.2376	19.6744	12.7824	5.6178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 232 through 253 )	A	232 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 254 through 277 )	A	254 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 278 through 318 )	A	278 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 319 through 383 )	A	319 - 383
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 384 through 403 )	A	384 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 404 through 437 )	A	404 - 437
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 438 through 463 )	A	438 - 463
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 464 through 494 )	A	464 - 494
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 495 through 543 )	A	495 - 543
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 544 through 571 )	A	544 - 571

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