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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uxm | ||||||
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タイトル | Type II DAH7PS from Pseudomonas aeruginosa with Trp bound | ||||||
![]() | Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DAH7PS / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / shikimate pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sterritt, O.W. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Pseudoisostructural Type II DAH7PS Enzyme from Pseudomonas aeruginosa: Alternative Evolutionary Strategies to Control Shikimate Pathway Flux. 著者: Sterritt, O.W. / Kessans, S.A. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 50197.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2843 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): N-terminal His tag + linker / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9I000, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 327分子 ![](data/chem/img/PEP.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PEP / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TRP / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CO / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / 解説: rectangular rod |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.8 M Sodium formate, 1 mM cobalt chloride, 1 mM phosphoenol pyruvate 26 % PEG 2000 MME Temp details: Temperature controlled |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal SI(111) water cooled sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→75.79 Å / Num. obs: 70122 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.122 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3437 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.452 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2B7O 解像度: 1.54→75.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.782 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.135 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.54→75.79 Å
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拘束条件 |
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