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- PDB-5uxb: Crystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphH from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxb
タイトルCrystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphH from Brachybacterium faecium, apoenzyme
要素Macrolide 2'-phosphotransferase MphH
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / macrolide / cave bacterium / phosphotransferase / kinase / alpha/beta protein / azithromycin / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted aminoglycoside phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brachybacterium faecium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN27220120026C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The evolution of substrate discrimination in macrolide antibiotic resistance enzymes.
著者: Pawlowski, A.C. / Stogios, P.J. / Koteva, K. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02018年2月21日Group: Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_poly / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide 2'-phosphotransferase MphH
B: Macrolide 2'-phosphotransferase MphH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6076
ポリマ－64,4652
非ポリマー1424
水2,126118
1
A: Macrolide 2'-phosphotransferase MphH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2682
ポリマ－32,2321
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrolide 2'-phosphotransferase MphH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3394
ポリマ－32,2321
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.933, 79.741, 99.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase MphH


分子量: 32232.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brachybacterium faecium (strain ATCC 43885 / DSM 4810 / NCIB 9860) (バクテリア)
株: ATCC 43885 / DSM 4810 / NCIB 9860 / 遺伝子: Bfae_22410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: C7MEP1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1% trehalose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 25067 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 16.28
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / Num. unique obs: 771 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.2 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2733精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UXC

5uxc


解像度: 2.794→28.753 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 1243 4.96 %RANDOM
Rwork0.2191 ---
obs0.2208 25067 87.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.794→28.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 0 4 118 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5656272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.991613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7941-2.90590.30641040.26421894X-RAY DIFFRACTION62
2.9059-3.0380.22681140.26332192X-RAY DIFFRACTION73
3.038-3.19790.27811230.25752446X-RAY DIFFRACTION80
3.1979-3.3980.24091430.23712561X-RAY DIFFRACTION85
3.398-3.65990.2551240.20722794X-RAY DIFFRACTION91
3.6599-4.02730.25221520.2052908X-RAY DIFFRACTION95
4.0273-4.6080.23151590.18893000X-RAY DIFFRACTION99
4.608-5.79780.23731600.21263041X-RAY DIFFRACTION100
5.7978-28.7550.27561640.22692988X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3316-1.705-1.2714.7099-3.01424.00650.4703-0.28020.61010.553-0.443-0.7856-0.3580.805-0.00080.7858-0.04790.08020.48940.02470.405427.98687.7938-16.9441
23.8693-1.299-2.08413.77320.01923.17670.27860.03620.1942-0.1654-0.101-0.3717-0.6773-0.0688-0.17310.5936-0.067-0.08180.3213-0.01290.282718.6086.0586-7.1591
30.62641.31390.20572.8994-0.77249.6103-0.42340.4583-0.3708-0.1164-0.1618-2.26320.91861.45970.52850.80710.03460.34880.4705-0.04311.299123.863525.90651.4018
41.37371.8782-0.80717.2690.37042.80580.112-0.07860.2318-0.3175-0.11441.09340.1171-0.36640.00960.2521-0.037-0.0820.35240.00720.35248.309113.51227.5101
53.0673-0.5691.22272.8697-0.71552.47660.1067-0.18110.1245-0.1395-0.0069-0.0620.0939-0.0217-0.10330.3506-0.011-0.02010.2689-0.03650.295819.904113.675117.3831
65.5926-1.0869-0.20741.1093-1.40464.8021-0.08590.81820.31940.0240.3067-0.9148-0.68870.4773-0.1990.419-0.0663-0.06140.3017-0.03670.4961-8.52127.894522.4428
71.6023-0.6632-1.08213.3018-0.26193.5673-0.23050.14110.1552-0.0827-0.1192-0.3075-0.0851-0.26520.36240.3678-0.0422-0.11410.2689-0.04540.3333-18.6346.008632.1619
86.3074-3.49850.60552.61340.96272.5570.27880.08920.5210.43240.0479-1.61430.12351.4704-0.34710.5152-0.0128-0.05480.54930.0350.9331-9.511222.794438.4539
91.24580.03510.27652.1001-0.92073.57380.0126-0.13180.0305-0.14070.02470.12370.0766-0.1951-0.02170.2390.03190.01780.213-0.04950.2881-22.392614.80154.2387
101.94451.85221.46137.67942.11993.07420.14810.0037-0.1138-1.14520.1496-0.8295-0.53510.6556-0.33250.3307-0.02940.16930.4380.04430.3866-1.678211.596259.5229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:31)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:96)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 97:113)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 114:144)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 145:298)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:31)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 32:96)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 97:106)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 107:266)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 267:298)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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