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- PDB-5uxa: Crystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphB from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxa
タイトルCrystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphB from Escherichia coli
要素Macrolide 2'-phosphotransferase II
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / macrolide / phosphotransferase / kinase / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID
機能・相同性Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / Macrolide 2'-phosphotransferase II
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN27220120026C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The evolution of substrate discrimination in macrolide antibiotic resistance enzymes.
著者: Pawlowski, A.C. / Stogios, P.J. / Koteva, K. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02018年2月21日Group: Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_poly / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide 2'-phosphotransferase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6474
ポリマ－34,5271
非ポリマー1203
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
2
A: Macrolide 2'-phosphotransferase II
ヘテロ分子

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2958
ポリマ－69,0542
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5880 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.276, 116.684, 92.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-622-

HOH

31A-754-

HOH

41A-813-

HOH

51A-851-

HOH

61A-891-

HOH

71A-943-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)


分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 27167 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 24.94
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1354 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.282 / Rsym value: 0.793 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2481精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.171 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2013 1916 7.34 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
obs0.155 26109 95.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2427 0 3 450 2880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1563396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.48920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9421-1.99070.25861140.18911473X-RAY DIFFRACTION83
1.9907-2.04450.21581270.18891630X-RAY DIFFRACTION90
2.0445-2.10460.25431290.17031621X-RAY DIFFRACTION92
2.1046-2.17250.23431250.17091673X-RAY DIFFRACTION94
2.1725-2.25010.19021300.15921711X-RAY DIFFRACTION95
2.2501-2.34020.23191410.14981709X-RAY DIFFRACTION96
2.3402-2.44670.24551360.16121731X-RAY DIFFRACTION97
2.4467-2.57560.20891430.15671747X-RAY DIFFRACTION98
2.5756-2.73680.20911370.15931763X-RAY DIFFRACTION98
2.7368-2.9480.24411460.16261778X-RAY DIFFRACTION99
2.948-3.24430.20811380.14961806X-RAY DIFFRACTION99
3.2443-3.71290.17251460.12861829X-RAY DIFFRACTION100
3.7129-4.67480.14411440.12531818X-RAY DIFFRACTION100
4.6748-29.17430.2111600.16311904X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.01274.1236-2.67644.7008-2.92972.5297-0.40230.61880.8094-1.1840.39220.235-0.1176-0.1813-0.09771.2764-0.2468-0.30610.48040.21481.202639.488764.756733.1404
24.7083-6.6-1.5549.43480.98868.2870.49441.4690.937-1.1794-0.616-0.1414-0.035-0.72820.06640.9279-0.2468-0.17510.88930.28310.842640.548155.899831.2764
34.5675-0.6738-1.91735.2418-0.18034.48610.02870.5450.9237-0.3718-0.02920.2051-0.9566-0.09870.0040.4279-0.0336-0.12090.230.04010.395233.613950.255139.9285
45.63932.7001-2.0744.61613.23177.2431-0.12360.55450.3494-0.52940.1497-0.0414-0.55110.0449-0.02050.21340.027-0.0280.36320.02670.223942.055333.1524.5216
52.63540.1035-0.0890.89490.10631.6979-0.01910.13230.0404-0.0394-0.00810.07930.0038-0.09170.03010.13860.00950.00960.126-0.00820.151421.47528.392934.7867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:32)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 33:94)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 95:121)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 122:302)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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