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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ute | ||||||
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タイトル | Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor | ||||||
![]() | ORF 17 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Serine Hydrolase / Viral Protein / Capsid Maturation / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() assemblin / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Acker, T.M. / Gable, J. / Bohn, M.-F. / Craik, C.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor 著者: Acker, T.M. / Craik, C.S. / Bohn, M.-F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21193.111 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-215 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORF17 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Imidazole pH 8.0, 0.4M NaH2PO4/1.6M K2HPO4, 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→73.47 Å / Num. obs: 46042 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Net I/σ(I): 8.97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NJQ 解像度: 2.05→73.472 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.45 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.83 Å2 / Biso mean: 23.6024 Å2 / Biso min: 7.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→73.472 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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