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- PDB-5uqd: DPY-21 in complex with Fe(II) and alpha-Ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqd
タイトルDPY-21 in complex with Fe(II) and alpha-Ketoglutarate
要素DumPY: shorter than wild-type
キーワードOXIDOREDUCTASE / JmjC / H4K20me2 demethylase
機能・相同性RSBN1/Dpy-21 / histone H4K20 demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / X chromosome / metal ion binding / nucleus / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Lysine-specific demethylase 9
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Brejc, K. / Bian, Q. / Uzawa, S. / Wheeler, B.S. / Anderson, E.C. / King, D.S. / Kranzusch, P.J. / Preston, C.G. / Meyer, B.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM030702 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100647 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Dynamic Control of X Chromosome Conformation and Repression by a Histone H4K20 Demethylase.
著者: Brejc, K. / Bian, Q. / Uzawa, S. / Wheeler, B.S. / Anderson, E.C. / King, D.S. / Kranzusch, P.J. / Preston, C.G. / Meyer, B.J.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.62021年3月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.72024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DumPY: shorter than wild-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0745
ポリマ－50,6321
非ポリマー4424
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.625, 97.883, 98.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1945-

HOH

詳細Monomer as determined by size exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質 DumPY: shorter than wild-type


分子量: 50631.773 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1210-1617 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: dpy-21, CELE_Y59A8B.1, Y59A8B.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q9GRZ3
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Crystals were grown in hanging drops containing 200 nl DPY-21 (5 mg/ml) and 200 nl well solution containing 100 mM DL-malic acid (pH 5.6) and 25% (w/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→43.86 Å / Num. obs: 39587 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.798→43.859 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 1978 5 %Random selection
Rwork0.1634 ---
obs0.1649 39536 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→43.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2623 0 27 254 2904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2053783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1751703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7983-1.84330.3131360.25792577X-RAY DIFFRACTION96
1.8433-1.89320.23581380.21332624X-RAY DIFFRACTION99
1.8932-1.94890.22251400.19952635X-RAY DIFFRACTION99
1.9489-2.01180.2021390.16762663X-RAY DIFFRACTION99
2.0118-2.08370.20921390.15972643X-RAY DIFFRACTION99
2.0837-2.16710.20371420.15422681X-RAY DIFFRACTION100
2.1671-2.26570.21481400.14882662X-RAY DIFFRACTION100
2.2657-2.38520.18251400.1562668X-RAY DIFFRACTION100
2.3852-2.53460.21091430.15752697X-RAY DIFFRACTION100
2.5346-2.73030.17351410.15982690X-RAY DIFFRACTION100
2.7303-3.0050.20421420.16782702X-RAY DIFFRACTION100
3.005-3.43960.18521430.16072717X-RAY DIFFRACTION100
3.4396-4.3330.17481440.1442752X-RAY DIFFRACTION100
4.333-43.87210.17461510.1692847X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1664-0.3543-0.10044.1336-1.10022.4733-0.21780.156-0.5031-0.05780.04630.05850.72660.08330.15730.31570.09030.05320.1686-0.04620.23558.72338.641317.9882
20.5275-0.1744-0.08341.06640.72691.909-0.0592-0.0507-0.15590.16950.0423-0.02150.56080.32570.01770.22840.05980.02250.16220.01760.186558.528716.273631.8055
35.0865-1.39031.18093.8349-0.20580.7319-0.4065-0.50050.7293-0.1390.0178-0.0849-0.3393-0.17910.2610.26270.0407-0.07930.1541-0.04950.21453.852841.162750.0167
42.0665-0.4880.47042.14150.7612.3582-0.1429-0.22520.13520.11480.239-0.41590.15580.5382-0.08060.18580.0421-0.01240.2711-0.00120.145262.312927.861542.794
52.12860.2455-0.00151.86480.24921.7844-0.0492-0.09480.11960.05280.0382-0.0566-0.11210.0957-0.00030.18360.0085-0.02750.1676-0.00990.115652.689732.050735.5572
61.4334-0.08680.06860.8129-0.13342.8466-0.04960.05050.2116-0.02050.0405-0.128-0.25070.32450.01130.137-0.03180.00420.1406-0.01210.167258.002232.533924.2979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1208 through 1237 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1238 through 1310 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1311 through 1342 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1343 through 1412 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1413 through 1523 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1524 through 1610 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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