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Yorodumi- PDB-5uof: Crystal structure of alpha,alpha-trehalose 6-phosphate sythase fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uof | ||||||
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Title | Crystal structure of alpha,alpha-trehalose 6-phosphate sythase from Burkholderia multivorans | ||||||
Components | Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / alpha / alpha-trehalose-phosphate synthase / UDP-forming / trehalose biosythesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia multivorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of alpha,alpha-trehalose 6-phosphate sythase from Burkholderia multivorans Authors: Irwin, R.M. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uof.cif.gz | 409.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uof.ent.gz | 331.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uof.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uof_validation.pdf.gz | 484.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uof_full_validation.pdf.gz | 492 KB | Display | |
Data in XML | 5uof_validation.xml.gz | 47.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5uof_validation.cif.gz | 73.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uof | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hxaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53793.172 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BumuA.00046.b.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (bacteria) Strain: ATCC 17616 / 249 / Gene: otsA, BMULJ_02361 / Plasmid: BumuA.00046.b.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0H3KGN3, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-SER / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Morpheus screen, H6: 0.1 M MOPs/HEPES-Na pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02 M NaGlu, Ala, Gly, Lys, and Ser: BumuA.00046.b.B1.PS37880 at 18.6 mg/ml: direct cryo: tray 272185 well H6, puck omx7-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 142053 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.217 % / Biso Wilson estimate: 15.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 14.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HXA Resolution: 1.7→50 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.69
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.38 Å2 / Biso mean: 23.8782 Å2 / Biso min: 6.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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