PDB-5unl: Crystal structure of a D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5unl

タイトル

Crystal structure of a D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Burkholderia multivorans

要素

3-ketoacyl-ACP reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / short-chain alcohol / dehydrogenase / reductase / SDR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NITRATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Burkholderia multivorans
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5unl.cif.gz	419.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5unl.ent.gz	342.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5unl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5unl_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5unl_full_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示
XML形式データ	5unl_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	5unl_validation.cif.gz	72 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nbvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ci8-1 3ay7-1 4gvx-2 1ybv-1 4fj1-d 6zzs-1 4urf-1 6zzs-2 4glo-d 6zzq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BumuA.00010.u

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-ketoacyl-ACP reductase

B: 3-ketoacyl-ACP reductase

C: 3-ketoacyl-ACP reductase

D: 3-ketoacyl-ACP reductase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.380, 132.090, 64.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 28665.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア) 遺伝子: WM33_05200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1B4TPS8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG+ A12 (272912a12): 20% w/v PEG3350, 200mM Potassium nitrate: protein conc 18mg/mL: 20% eg: icw9-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 121380 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.17 % / B_iso Wilson estimate: 16.18 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 13.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	4.202	0.497	2.83	8916	0.827	0.57	98.8
1.69-1.74	4.21	0.384	3.64	8745	0.889	0.44	98.9
1.74-1.79	4.231	0.318	4.35	8469	0.918	0.364	98.9
1.79-1.84	4.225	0.255	5.42	8199	0.945	0.292	99
1.84-1.91	4.235	0.196	7	8009	0.968	0.225	99.1
1.91-1.97	4.231	0.158	8.46	7754	0.978	0.182	99.3
1.97-2.05	4.232	0.126	10.45	7417	0.985	0.145	99.2
2.05-2.13	4.218	0.101	12.55	7240	0.989	0.117	99.2
2.13-2.22	4.203	0.084	14.71	6910	0.992	0.097	99.3
2.22-2.33	4.204	0.075	16.34	6575	0.993	0.086	99.4
2.33-2.46	4.191	0.066	18.22	6270	0.994	0.076	99.3
2.46-2.61	4.153	0.06	19.81	5959	0.995	0.069	99.3
2.61-2.79	4.139	0.055	21.69	5619	0.996	0.064	99.3
2.79-3.01	4.1	0.049	24.08	5166	0.996	0.057	99
3.01-3.3	4.041	0.045	26.37	4770	0.997	0.052	98.9
3.3-3.69	4.028	0.042	28.66	4329	0.997	0.049	98.8
3.69-4.26	3.983	0.04	30	3855	0.997	0.046	99.4
4.26-5.22	4	0.038	30.2	3251	0.998	0.043	99.6
5.22-7.38	4.022	0.036	29.54	2534	0.998	0.041	99.3
7.38-44.862	3.837	0.034	30.85	1393	0.998	0.039	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4nbv

4nbv

解像度: 1.65→50 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	1973	1.63 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.1757	121308	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.9 Å² / B_iso mean: 23.0859 Å² / B_iso min: 8.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7668	0	48	1057	8773
B_iso mean	-	-	35.24	33.24	-
残基数	-	-	-	-	1054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.811	10890
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.358	4846

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.65-1.6912	0.2896	116	0.2275	8455
1.6912-1.7369	0.2447	170	0.2147	8482
1.7369-1.7881	0.2226	147	0.1986	8504
1.7881-1.8458	0.2171	152	0.1926	8449
1.8458-1.9117	0.2284	145	0.1907	8491
1.9117-1.9883	0.2431	140	0.1888	8500
1.9883-2.0788	0.2087	143	0.1772	8559
2.0788-2.1884	0.1973	122	0.1739	8492
2.1884-2.3255	0.2073	168	0.1691	8537
2.3255-2.505	0.2063	134	0.1688	8547
2.505-2.7571	0.2211	122	0.1747	8562
2.7571-3.1559	0.2078	105	0.1686	8551
3.1559-3.9758	0.207	169	0.163	8549
3.9758-50	0.1715	140	0.1682	8657

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2352	0.5026	0.2186	3.7424	1.308	2.1017	-0.0024	0.078	-0.0272	-0.1131	-0.0126	-0.3959	0.0687	0.1187	0.0131	0.1819	-0.0194	0.0592	0.1096	0.0401	0.1783	49.0161	15.3401	-2.3666
2	4.9938	0.1102	-1.2175	2.833	0.2497	3.6634	0.1715	-0.1511	0.0566	0.02	-0.0648	-0.5159	-0.0619	0.3719	-0.0861	0.186	-0.0351	-0.0044	0.11	0.0339	0.2332	50.9392	24.2379	1.6997
3	2.197	1.1579	0.304	5.7399	0.8676	4.8791	-0.0615	0.0968	0.236	-0.1955	0.072	0.0158	-0.1968	-0.017	0.017	0.1225	-0.0135	-0.0007	0.1218	0.0307	0.1439	40.0317	25.0621	-4.5666
4	1.8505	-0.6374	-1.7935	0.834	-0.4457	3.9482	0.0891	-0.208	0.0947	0.0399	-0.0475	0.019	-0.3611	0.0311	-0.0671	0.1735	-0.0332	-0.0131	0.1143	-0.0455	0.1585	33.7567	22.0458	19.5927
5	2.9437	-0.3056	-2.3664	3.8588	2.7357	7.2218	0.0283	0.1928	0.2212	-0.2017	-0.17	0.2388	-0.4375	-0.3006	0.1113	0.1319	0.0149	-0.0019	0.0899	0.0337	0.1474	31.9447	21.1906	-3.3902
6	1.0524	-0.0308	0.8539	0.476	-0.5733	1.6293	0.0157	0.01	0.019	-0.0647	0.0193	0.0013	-0.0579	0.1	-0.0193	0.1254	0.0029	0.0182	0.09	-0.0095	0.1159	32.5367	10.9256	7.5641
7	2.0707	-0.039	2.728	2.5357	-0.8004	6.3065	0.2651	-0.0032	-0.2434	-0.1555	0.0817	-0.0639	0.0827	0.2014	-0.3341	0.0753	0.0055	0.0331	0.0837	0.0019	0.1116	40.3198	8.2237	6.0648
8	6.4619	-0.1292	-5.5932	5.4343	0.9078	9.3797	0.1028	-0.2423	0.291	-0.1984	-0.0557	-0.5495	-0.4177	-0.1256	-0.0836	0.1646	-0.0161	-0.0505	0.2274	-0.0509	0.2502	45.9563	16.1562	24.154
9	2.675	1.846	2.2594	4.2922	5.2613	6.4692	0.1069	-0.4193	0.0062	0.6992	-0.0139	-0.3836	0.4011	0.0388	-0.1192	0.1872	-0.0307	-0.0665	0.3292	0.0298	0.2125	46.8097	6.1963	29.1365
10	1.2301	0.6442	-1.0618	2.1938	-3.5035	8.6072	0.0283	-0.1525	0.0621	0.0546	-0.1495	-0.2249	-0.1926	0.3801	0.181	0.0981	-0.0001	0.0093	0.0881	0.0028	0.1349	47.5104	3.6426	8.906
11	1.3311	-0.4494	-0.3342	1.5016	0.6379	0.2306	0.0849	-0.0032	-0.0408	-0.1523	0.0079	-0.037	-0.0578	0.0566	-0.0927	0.1059	-0.0176	0.0252	0.0685	0.0075	0.1221	38.6222	1.8423	6.5095
12	1.3946	-0.0625	0.1885	2.1432	-0.4646	1.1476	0.0388	-0.1677	0.13	0.0391	-0.0338	0.4362	-0.0019	-0.1328	-0.0259	0.1099	0.0268	0.0149	0.2758	-0.088	0.232	4.3101	17.6686	26.515
13	1.1714	-2.0623	1.1017	6.5394	1.0922	4.5619	-0.2012	-0.3137	0.3912	0.2561	0.2506	-0.2119	-0.4168	0.1016	-0.0243	0.1393	0.0024	0.0081	0.2385	-0.1071	0.214	13.8899	24.2043	30.3223
14	1.3953	0.2404	-0.2221	1.7784	-0.9905	4.333	0.0177	-0.0059	0.242	-0.0557	-0.0266	-0.04	-0.1944	-0.089	-0.0244	0.1723	0.0308	0.0009	0.0802	-0.0127	0.175	20.0213	22.0809	6.0296
15	0.8903	-0.0873	0.2346	0.8764	-0.2309	2.0474	0.0119	-0.2267	0.1511	0.0513	0.0194	0.0299	-0.1525	-0.1361	-0.0352	0.0898	0.012	0.0087	0.1424	-0.0388	0.1291	21.4738	13.3458	21.3221
16	1.4862	-0.2286	1.8428	2.106	0.1778	4.6919	0.0717	-0.2385	-0.0238	-0.056	-0.0248	0.1753	-0.1496	-0.4455	-0.1557	0.0713	0.0128	0.0339	0.1943	-0.0205	0.1189	13.8304	7.6716	18.9769
17	4.688	-1.1766	-4.8345	2.2264	1.4424	5.0019	0.1263	0.1489	0.6812	-0.3015	0.0224	0.314	-0.6777	-0.1253	-0.1869	0.2438	0.0421	-0.0786	0.2345	0.0218	0.3421	7.7855	15.413	0.0972
18	4.2195	-3.1878	3.9788	8.7834	-6.5188	7.992	0.075	0.2441	0.1511	-0.4293	-0.0075	0.4889	0.182	-0.2589	-0.0697	0.2164	0.0174	-0.0526	0.2761	-0.0165	0.1864	7.4641	6.1533	-3.7892
19	1.3771	-0.0941	0.1636	1.2582	0.5217	2.3421	-0.0087	-0.1587	0.0593	-0.0013	-0.0462	0.0739	-0.0485	-0.1846	0.06	0.08	-0.0006	0.0083	0.1339	-0.0103	0.1175	10.9583	2.2534	17.3274
20	2.0623	-0.1206	0.3827	3.182	-0.8624	2.0919	0.1279	-0.4191	-0.0604	0.4549	-0.2054	0.2064	0.1651	-0.3782	0.0028	0.1977	-0.0934	0.0345	0.3159	0.0503	0.1948	6.1435	-16.8242	28.3365
21	0.7922	0.8742	-0.1905	1.0933	-0.9725	3.1046	0.2196	-0.5472	-0.3109	0.2786	-0.242	0.0743	0.3861	-0.1936	0.0696	0.2264	-0.1023	0.0128	0.337	0.1186	0.2931	7.4761	-25.7506	24.5469
22	4.3984	-0.8345	0.6063	0.7998	0.3319	0.496	0.0381	-0.159	-0.4131	-0.1306	-0.0436	-0.0032	0.138	0.0492	0.0089	0.1444	-0.0099	-0.0052	0.1466	0.0846	0.1716	31.3223	-23.6221	20.8546
23	4.2234	-2.6525	-1.0388	4.1512	0.3194	2.3262	0.1199	0.1267	-0.6042	-0.1197	-0.1272	0.3905	0.1641	-0.2116	-0.001	0.1302	-0.0367	0.0278	0.141	0.0192	0.2003	10.4447	-22.692	11.7924
24	1.1454	0.1241	0.1136	0.8205	0.0885	1.3083	-0.0331	-0.2319	-0.1482	0.0007	-0.0088	0.0076	-0.0135	-0.1456	0.0419	0.1021	-0.0127	0.0089	0.1153	0.0272	0.1039	19.6327	-11.5628	17.5279
25	4.9048	0.6958	-4.5622	6.5287	-1.4357	4.4798	0.0291	-0.2781	-0.618	0.269	-0.0614	0.2455	0.2608	0.0782	0.062	0.2035	-0.0172	-0.0034	0.2793	0.0598	0.1664	33.2513	-16.7961	34.0049
26	7.4824	-4.7753	4.5635	7.3877	-2.065	5.2836	-0.1478	-0.4542	0.4242	0.6664	0.0063	-0.5084	-0.0033	-0.2192	0.1157	0.1543	-0.0319	-0.0642	0.3912	0.0178	0.1889	36.3763	-7.6895	36.6233
27	4.5893	1.4768	2.1383	1.688	0.6414	2.9445	0.0683	-0.5667	-0.2298	0.177	-0.1171	-0.0386	0.0535	-0.2489	0.0124	0.12	-0.0005	0.0268	0.2492	0.0215	0.1219	17.3101	-4.9315	30.5466
28	0.559	-0.8168	-0.7005	1.9229	0.1926	1.7358	-0.0184	-0.2074	-0.1439	-0.0097	0.0146	0.0109	-0.11	-0.1863	-0.026	0.1049	-0.0179	0.0296	0.1121	0.0246	0.0725	17.8796	-3.0939	21.4172
29	2.8686	1.0167	0.4429	4.6023	0.299	3.1453	-0.0015	-0.0134	0.034	-0.4602	-0.0235	-0.2742	-0.0435	0.1558	-0.0008	0.1508	0.0327	0.0645	0.112	0.0153	0.1421	48.7837	-15.5354	-3.6789
30	1.8024	1.126	-1.1462	3.4796	-3.6233	7.7269	-0.0044	0.2522	-0.0319	-0.6919	-0.0488	-0.1795	0.0787	-0.1422	0.0045	0.3926	0.0497	0.079	0.1408	0.0069	0.1805	45.997	-24.4678	-7
31	1.8696	-0.0112	2.1543	6.0316	0.1398	2.6708	-0.0291	0.0356	-0.1961	0.333	0.1846	-0.0873	0.3452	0.112	-0.1312	0.1505	0.0247	0.0554	0.105	-0.0019	0.1162	48.2898	-25.5063	5.3335
32	1.3613	-0.1307	0.3531	0.6981	0.0727	0.8619	0.0059	0.0072	-0.1114	-0.0383	-0.034	0.0052	0.0317	0.063	0.0268	0.1245	0.004	0.0218	0.099	0.0154	0.1165	33.735	-16.2567	7.4426
33	9.6164	-1.6037	-5.2057	1.2781	-0.1184	3.817	-0.1394	0.4802	-0.5258	-0.2301	0.0308	0.0139	0.207	-0.2353	0.1321	0.4355	-0.0557	-0.0455	0.255	-0.0492	0.2623	21.3914	-16.7056	-10.28
34	9.6756	5.0817	4.3715	9.7711	4.1998	6.416	-0.1511	0.3003	-0.161	-0.6456	-0.1384	0.2539	0.2745	-0.4635	0.3152	0.3499	0.0104	-0.0101	0.36	0.0001	0.2326	18.1384	-7.7389	-11.8888
35	2.3831	-0.1923	0.2314	0.7465	0.0177	1.302	0.0133	0.1555	-0.0205	-0.1279	-0.0457	-0.0241	0.0231	0.0553	0.0191	0.1437	0.0029	0.0239	0.0784	0.0075	0.13	36.8078	-3.4411	-1.404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 52 )	A	2 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 70 )	A	53 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 93 )	A	71 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 120 )	A	94 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 121 through 136 )	A	121 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 137 through 182 )	A	137 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 196 )	A	183 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 210 )	A	197 - 210
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 211 through 224 )	A	211 - 224
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 225 through 244 )	A	225 - 244
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 245 through 265 )	A	245 - 265
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 4 through 70 )	B	4 - 70
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 71 through 93 )	B	71 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 120 )	B	94 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 121 through 182 )	B	121 - 182
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 183 through 196 )	B	183 - 196
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 197 through 210 )	B	197 - 210
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 211 through 224 )	B	211 - 224
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 225 through 265 )	B	225 - 265
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 2 through 52 )	C	2 - 52
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 53 through 93 )	C	53 - 93
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 94 through 120 )	C	94 - 120
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 121 through 136 )	C	121 - 136
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 137 through 196 )	C	137 - 196
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 197 through 210 )	C	197 - 210
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 211 through 224 )	C	211 - 224
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 225 through 244 )	C	225 - 244
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 245 through 265 )	C	245 - 265
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 2 through 52 )	D	2 - 52
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 53 through 70 )	D	53 - 70
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 71 through 93 )	D	71 - 93
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 94 through 196 )	D	94 - 196
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 197 through 210 )	D	197 - 210
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 211 through 224 )	D	211 - 224
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 225 through 265 )	D	225 - 265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)