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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5umb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ATPase domain of Malaria GRP78 with ADP bound | ||||||
要素 | Chaperone DnaK | ||||||
キーワード | CHAPERONE / ATPase domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Pizarro, J.C. / Song, J.H. / Park, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Repurposing drugs to target the malaria parasite unfolding protein response. 著者: Chen, Y. / Murillo-Solano, C. / Kirkpatrick, M.G. / Antoshchenko, T. / Park, H.W. / Pizarro, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5umb.cif.gz | 597.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5umb.ent.gz | 492.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5umb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5umb_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5umb_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5umb_validation.xml.gz | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5umb_validation.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5f1xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42046.844 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 10-387 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 / 遺伝子: PFNF54_05546 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W7JXN5 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 8K, 0.2M NH4SO4, 0.1M Na CaCo, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月31日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.08 Å / Num. obs: 76738 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / Net I/av σ(I): 1.92 / Net I/σ(I): 7.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5f1x 解像度: 2.3→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.345 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
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原子変位パラメータ | Biso max: 249.56 Å2 / Biso mean: 33.03 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.08 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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