PDB-5ul9: Structure and function of the divalent anion/Na+ symporter from V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ul9

タイトル

Structure and function of the divalent anion/Na+ symporter from Vibrio cholerae and a humanized variant

要素

Transporter, NadC family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

succinate transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Lu, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and function of the divalent anion/Na(+) symporter from Vibrio cholerae and a humanized variant.
著者: Nie, R. / Stark, S. / Symersky, J. / Kaplan, R.S. / Lu, M.

履歴

登録	2017年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ul9.cif.gz	334.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ul9.ent.gz	273.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ul9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5ul9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/5ul9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ul7C 5uldC 5uleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wtx-1 5ul7-2 6ol1-2 6wtx-2 6wu3-d 5uld-2 6okz-1 5ule-2 5ul7-1 5ule-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transporter, NadC family

B: Transporter, NadC family

C: Transporter, NadC family

D: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

191 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transporter, NadC family

B: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transporter, NadC family

D: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.125, 102.112, 167.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLN	GLN	A	A	18 - 462	1 - 445
2	1	LEU	LEU	GLN	GLN	B	B	18 - 462	1 - 445
3	1	LEU	LEU	GLN	GLN	C	C	18 - 462	1 - 445
4	1	LEU	LEU	GLN	GLN	D	D	18 - 462	1 - 445
1	2	NA	NA	CIT	CIT	A	E - G	501 - 503
2	2	NA	NA	CIT	CIT	B	H - J	501 - 503
3	2	NA	NA	CIT	CIT	C	K - M	501 - 503
4	2	NA	NA	CIT	CIT	D	N - P	501 - 503

#1: タンパク質	Transporter, NadC family 分子量: 47537.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KNE0
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: PEG, Na+, etc. / PH範囲: 7 / Temp details: 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→100 Å / Num. obs: 82226 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 20

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 2.78→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.625 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2607	3949	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2421	-	-	-
obs	0.24264	73983	87.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.31 Å²	-0 Å²	9.82 Å²
2-	-	-9.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13348	0	60	0	13408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	13712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.051	1.963	18704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.519	5	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.525	23.619	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.618	15	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.34	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.975	7.342	7116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.606	11.011	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.497	7.822	6596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.591	63.018	21966
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3352 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	7.95
2	B	12.96
3	C	8.92
4	D	9.77

LS精密化シェル

解像度: 2.782→2.851 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	152	-
R_work	0.426	2811	-
obs	-	-	46.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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