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万見
- PDB-5ukz: NMR Solution structure of chemically synthesized antilisterial Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukz
タイトルNMR Solution structure of chemically synthesized antilisterial Pediocin PA-1 M31L analog.
要素Bacteriocin pediocin PA-1 M31L
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antilisterial / Pediocin PA-1 / Pediococcus acidilactici UL5 / Bacteriocin / Chemical synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin-type signal sequence / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriocin pediocin PA-1
類似検索 - 構成要素
生物種Pediococcus acidilactici (バクテリア)
手法溶液NMR / na
データ登録者Bedard, F. / Hammami, R. / Zirah, S. / Rebuffat, S. / Fliss, I. / Biron, E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Fonds de Recherche du Quebec - Nature et Technologies (FRQNT)#2016-PR-191869 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Synthesis, antimicrobial activity and conformational analysis of the class IIa bacteriocin pediocin PA-1 and analogs thereof.
著者: Bedard, F. / Hammami, R. / Zirah, S. / Rebuffat, S. / Fliss, I. / Biron, E.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin pediocin PA-1 M31L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6171
ポリマ－4,6171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bacteriocin pediocin PA-1 M31L / Pediocin ACH


分子量: 4617.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-62 / 変異: M31L / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Pediocin PA-1 producer / 由来: (合成) Pediococcus acidilactici (バクテリア) / 参照: UniProt: P29430
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D TOCSY
141anisotropic12D NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 3.33 mg/mL NA-1H Pediocin PA-1 M31L, trifluoroethanol/water
詳細: 300 uL of 0.1% TFA water plus 300 uL of 98% TFE-d2. / Label: 1H_M31L / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 3.33 mg/mL / 構成要素: Pediocin PA-1 M31L / Isotopic labeling: NA-1H
試料状態詳細: 0.1% TFA was required to prevet disulfide bond rearrangment while acquisitions. TOCSY and NOESY spectra were recorded with mixing times of 80 ms and 300 ms and 16 and 72 scans, respectively.
イオン強度: 0 Not defined / Label: Conditions_1 / pH: 2.8 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cyroprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospinchemical shift assignment
CS-ROSETTA3.7Shen, Vernon, Baker and Bax精密化
CS-ROSETTA3.7Shen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
詳細: For this entry, the authors only used chemical shift values without constraints. The authors used the CS-ROSETTA protocol which allows structure determination of proteins based on chemical ...詳細: For this entry, the authors only used chemical shift values without constraints. The authors used the CS-ROSETTA protocol which allows structure determination of proteins based on chemical shift information alone.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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