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万見
- PDB-5ujn: Representative 2-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ujn
タイトルRepresentative 2-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data
要素Ubiquitin
キーワードSIGNALING PROTEIN / diubiquitin / K27 / polyubiquitin chain
機能・相同性symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Ubiquitin family / Tail fiber
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
データ登録者Castaneda, C.A. / Fushman, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM065334 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Linkage via K27 Bestows Ubiquitin Chains with Unique Properties among Polyubiquitins.
著者: Castaneda, C.A. / Dixon, E.K. / Walker, O. / Chaturvedi, A. / Nakasone, M.A. / Curtis, J.E. / Reed, M.R. / Krueger, S. / Cropp, T.A. / Fushman, D.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1542
ポリマ－17,1542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area530 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8030 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100000structures with the best agreement with RDC data
代表モデルモデル #20structures with best agreement with rdc data

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
131anisotropic12D 1H-15N HSQC
142anisotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic22D 1H-15N HSQC
162isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1150 uM [U-99% 15N] distal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O15N-labelled K27-Ub2 with the distal Ub 15N, and proximal Ub 14N. pH 6.8 20 mM NaPhosphate, 0.02% NaN3Distal K27-Ub295% H2O/5% D2O
solution2150 uM [U-99% 15N] proximal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O15N-labelled K27-Ub2 with the distal Ub 14N, and proximal Ub 15N. pH 6.8 20 mM NaPhosphate, 0.02% NaN3Proximal K27-Ub295% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 uMdistal K27-Ub2[U-99% 15N]1
20 mMNaPhosphatenatural abundance1
0.02 %NaN3natural abundance1
150 uMproximal K27-Ub2[U-99% 15N]2
20 mMNaPhosphatenatural abundance2
0.02 %NaN3natural abundance2
試料状態詳細: pH 6.8 20 mM NaPhospahte / イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARMORBerlin K, Castaneda, CA, Fushman D精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
詳細: Using ~100 RDC restraints, ARMOR was used to select 2-member ensembles of K27-Ub2 that are in best agreement with RDC data. This generated a total of 10 2-conformer ensembles for this entry.
代表構造選択基準: structures with best agreement with rdc data
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the best agreement with RDC data
計算したコンフォーマーの数: 100000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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