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- PDB-5uj5: Solution structure of the oxidized iron-sulfur protein adrenodoxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uj5
タイトルSolution structure of the oxidized iron-sulfur protein adrenodoxin from Encephalitozoon cuniculi. Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target EncuA.00705.a
要素Adrenodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / infectious diseases / microsporidosis / SSGCID / iron-sulfur protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


mitosome / P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Adrenodoxin / Adrenodoxin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN2722001200025C 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Solution structure for an Encephalitozoon cuniculi adrenodoxin-like protein in the oxidized state.
著者: Shaheen, S. / Barrett, K.F. / Subramanian, S. / Arnold, S.L.M. / Laureanti, J.A. / Myler, P.J. / Van Voorhis, W.C. / Buchko, G.W.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adrenodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5532
ポリマ－14,3771
非ポリマー1761
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Adrenodoxin


分子量: 14377.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four residues are part of the N-terminal tag used for NTA purification that remain after cleavage with HRV 3C protease.
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: ECU07_0600 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: M1JK92, UniProt: Q8SV19*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
121anisotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
131anisotropic33D HN(CA)CB
141anisotropic33D 1H-15N NOESY
151anisotropic33D CBCA(CO)NH
171anisotropic33D HNCO
161anisotropic32D 1H-15N HSQC
181anisotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
191anisotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1101anisotropic1deuterium exchange
1111anisotropic33D C(CO)NH
1121anisotropic13D H(CCO)NH
1131anisotropic32D (HB)CB(CGCD)HD

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] E5, 93% H2O/7% D2O
詳細: A sample that was only 15N labelled was prepared and used for the deuterium exchange experiment.
Label: sample_1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
1 mME5[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.12 M / Label: condition_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian VXRSVarianVXRS7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
Sparky3.115Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Sparky3.115Goddardpeak picking
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: Due to the paramagnetic effects of the iron in the [2Fe-2S] cluster, amides in the close neighbourhood were not observable. These included C54, C60, C63, and C100. Restraints to fix the ...詳細: Due to the paramagnetic effects of the iron in the [2Fe-2S] cluster, amides in the close neighbourhood were not observable. These included C54, C60, C63, and C100. Restraints to fix the ligand and the sulfur atoms of these cysteine residues were added based on XRD structures and are contained in ssbond.upl and ssbond.lol.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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