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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uee | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA primer-template complex with guanosine dinucleotide ligand G(5')ppp(5')G | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / dinucleotide | 機能・相同性 | DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Zhang, W. / Tam, C.P. / Szostak, J.W. | ![]() ![]() タイトル: Insight into the mechanism of nonenzymatic RNA primer extension from the structure of an RNA-GpppG complex. 著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Walton, T. / Fahrenbach, A.C. / Birrane, G. / Szostak, J.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4500.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Magnesium chloride, 0.1 M Imidazole pH 6.5, 1.0 M Sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 8742 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 35.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / CC1/2: 0.902 / % possible all: 94.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5dhc 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.456 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.419 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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