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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ued | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA primer-template complex with guanosine dinucleotide ligand G(5')pp(5')G | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / dinucleotide | 機能・相同性 | Chem-86S / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Tam, C.P. / Szostak, J.W. | 引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 | タイトル: Insight into the mechanism of nonenzymatic RNA primer extension from the structure of an RNA-GpppG complex. 著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Walton, T. / Fahrenbach, A.C. / Birrane, G. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ued.cif.gz | 32.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ued.ent.gz | 22.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ued.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ued_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ued_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ued_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ued_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5ued ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5ued | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4500.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05 M magnesium chloride, 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.997 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 15113 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DHC 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.223 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.038 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→50 Å
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拘束条件 |
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