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- PDB-5ud5: Crystal structure of the tRNA binding domain of Pyrrolysyl-tRNA s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ud5
タイトルCrystal structure of the tRNA binding domain of Pyrrolysyl-tRNA synthetase bound to tRNA(Pyl)
要素
  • Pyrrolysine--tRNA ligase
  • RNA (70-MER)
キーワードLIGASE/RNA / PylRS / tRNA / aminoacyl-tRNA synthetase / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.347 Å
データ登録者Suzuki, T. / Soll, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM22854 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures reveal an elusive functional domain of pyrrolysyl-tRNA synthetase.
著者: Suzuki, T. / Miller, C. / Guo, L.T. / Ho, J.M.L. / Bryson, D.I. / Wang, Y.S. / Liu, D.R. / Soll, D.
履歴
登録2016年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
B: Pyrrolysine--tRNA ligase
C: RNA (70-MER)
D: RNA (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5696
ポリマ－71,4394
非ポリマー1312
水43224
1
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
C: RNA (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7853
ポリマ－35,7192
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
2
B: Pyrrolysine--tRNA ligase
D: RNA (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7853
ポリマ－35,7192
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.280, 72.280, 238.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysine--tRNA(Pyl) ligase / Pyrrolysyl-tRNA synthetase / PylRS


分子量: 12604.611 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: pylS, MM_1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: RNA鎖 RNA (70-MER)


分子量: 23114.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 参照: GenBank: 20986624
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.347→49.22 Å / Num. obs: 31207 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.79 % / Net I/σ(I): 22.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.347→49.218 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 3124 10.01 %
Rwork0.2164 --
obs0.2191 31207 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.347→49.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 3020 0 24 4438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8357139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2992580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3465-2.38320.36391310.34251184X-RAY DIFFRACTION95
2.3832-2.42230.34421430.33751276X-RAY DIFFRACTION100
2.4223-2.4640.36641350.31551227X-RAY DIFFRACTION100
2.464-2.50880.35391430.33061273X-RAY DIFFRACTION100
2.5088-2.55710.39431400.34241243X-RAY DIFFRACTION100
2.5571-2.60930.36411360.32781260X-RAY DIFFRACTION100
2.6093-2.6660.33231440.31961273X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.7280.33741400.31061244X-RAY DIFFRACTION100
2.728-2.79620.35531350.32361268X-RAY DIFFRACTION100
2.7962-2.87180.33751410.30851268X-RAY DIFFRACTION100
2.8718-2.95630.30211400.27791246X-RAY DIFFRACTION100
2.9563-3.05170.281450.26241277X-RAY DIFFRACTION100
3.0517-3.16080.3031420.25021270X-RAY DIFFRACTION100
3.1608-3.28730.25451410.21821296X-RAY DIFFRACTION100
3.2873-3.43690.21081410.21071260X-RAY DIFFRACTION100
3.4369-3.6180.22431450.22471271X-RAY DIFFRACTION100
3.618-3.84460.22211400.18721283X-RAY DIFFRACTION100
3.8446-4.14140.22141480.18791292X-RAY DIFFRACTION100
4.1414-4.55780.20631390.17831308X-RAY DIFFRACTION100
4.5578-5.21670.20991500.17331315X-RAY DIFFRACTION100
5.2167-6.57010.24951460.19091341X-RAY DIFFRACTION100
6.5701-49.22880.19681590.19551408X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.2876 Å / Origin y: 40.8209 Å / Origin z: 97.9638 Å
111213212223313233
T0.6193 Å2-0.1135 Å20.0793 Å2-0.5296 Å2-0.0913 Å2--0.3927 Å2
L1.3561 °20.3153 °20.0443 °2-2.1008 °2-0.4579 °2--1.0128 °2
S-0.145 Å °0.1455 Å °-0.1067 Å °-0.3061 Å °0.1486 Å °-0.1091 Å °-0.0133 Å °-0.0126 Å °-0.0063 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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