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- PDB-5ucd: Benzaldehyde Dehydrogenase, a Class 3 Aldehyde Dehydrogenase, wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ucd
タイトルBenzaldehyde Dehydrogenase, a Class 3 Aldehyde Dehydrogenase, with bound NADP+ and Benzoate Adduct
要素NAD(P)-dependent benzaldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / NADP+ / class 3 aldehyde dehydrogenase / adduct / covalent catalysis / mandelate racemase pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


benzaldehyde dehydrogenase (NADP+) / benzaldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mandelate catabolic process / cellular aldehyde metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P)-dependent benzaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zahniser, M.P.D. / Prasad, S. / Kneen, M.M. / Kreinbring, C.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / McLeish, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)EF-0425719 米国
引用ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017
タイトル: Structure and mechanism of benzaldehyde dehydrogenase from Pseudomonas putida ATCC 12633, a member of the Class 3 aldehyde dehydrogenase superfamily.
著者: Zahniser, M.P.D. / Prasad, S. / Kneen, M.M. / Kreinbring, C.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / McLeish, M.J.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)-dependent benzaldehyde dehydrogenase
B: NAD(P)-dependent benzaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8374
ポリマ－100,3502
非ポリマー1,4872
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.003, 195.003, 129.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)-dependent benzaldehyde dehydrogenase


分子量: 50174.988 Da / 分子数: 2 / 変異: C249(ZBZ) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdlD / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q84DC3, benzaldehyde dehydrogenase (NAD+), benzaldehyde dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.94 % / 解説: diamond-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月1日 / 詳細: MONOCHROMATOR AND MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 56492 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 34.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 804671
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.28-2.3311.10.785197.2
2.33-2.3912.10.825198.5
2.39-2.4612.70.895198.70.943
2.46-2.5313.30.906198.80.818
2.53-2.6113.90.925199.40.729
2.61-2.714.40.944199.90.627
2.7-2.81150.9611000.553
2.81-2.9415.40.97311000.414
2.94-3.0915.50.98411000.325
3.09-3.2915.50.99111000.234
3.29-3.5415.50.99511000.164
3.54-3.915.50.99711000.118
3.9-4.4615.20.99811000.099
4.46-5.62150.99811000.088
5.62-5013.50.998199.50.078

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å34.86 Å
Translation3.5 Å34.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LV1

3lv1
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.28→34.865 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 2826 5 %RANDOM
Rwork0.1898 ---
obs0.192 56464 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.1 Å2 / Biso mean: 29.471 Å2 / Biso min: 11.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→34.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6692 0 96 229 7017
Biso mean--44.12 30.47 -
残基数----870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7969492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1542538
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2769-2.31620.34281460.27942566271297
2.3162-2.35830.39021190.26682618273798
2.3583-2.40360.32261450.25992629277498
2.4036-2.45270.30251510.25432612276398
2.4527-2.5060.28161420.25852636277899
2.506-2.56430.28971450.24712635278099
2.5643-2.62840.26921420.243526712813100
2.6284-2.69940.31831220.23926702792100
2.6994-2.77880.29971440.250926732817100
2.7788-2.86850.29031350.251126882823100
2.8685-2.97090.26041430.231226782821100
2.9709-3.08980.28421490.226626732822100
3.0898-3.23040.26331330.214426922825100
3.2304-3.40050.24451330.195827082841100
3.4005-3.61340.23421370.187927102847100
3.6134-3.8920.22351470.164627022849100
3.892-4.28310.18081400.147127032843100
4.2831-4.90140.14861380.125327522890100
4.9014-6.16960.18151570.149527482905100
6.1696-34.8690.18931580.147328743032100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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