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- PDB-5uc6: Structural insights into IL-1 alpha recognition by a naphthyl-mod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uc6
タイトルStructural insights into IL-1 alpha recognition by a naphthyl-modified aptamer that mimics IL-1RI Domain III
要素
  • DNA (5'-D(*CP*G)-R(P*(85Y))-D(P*GP*AP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*A)-R(P*(85Y))-D(P*GP*GP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*AP*GP*AP*G)-R(P*(85Y))-D(P*CP*GP*(ATD))-3')
  • Interleukin-1 alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / SOMAmer / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to L-ascorbic acid / response to ozone / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / fever generation ...negative regulation of establishment of Sertoli cell barrier / positive regulation of neutrophil migration / positive regulation of steroid biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / response to L-ascorbic acid / response to ozone / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / fever generation / intracellular sodium ion homeostasis / Interleukin-1 processing / interleukin-1 receptor binding / response to copper ion / keratinization / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to organonitrogen compound / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to gamma radiation / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / heart development / cellular response to heat / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / spermatogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to hypoxia / inflammatory response / immune response / copper ion binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 alpha / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 ...Interleukin-1 alpha / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Interleukin-1 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ren, X. / Pyle, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for IL-1 alpha recognition by a modified DNA aptamer that specifically inhibits IL-1 alpha signaling.
著者: Ren, X. / Gelinas, A.D. / von Carlowitz, I. / Janjic, N. / Pyle, A.M.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02017年11月15日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 3.02018年8月22日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 alpha
B: DNA (5'-D(*CP*G)-R(P*(85Y))-D(P*GP*AP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*A)-R(P*(85Y))-D(P*GP*GP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*AP*GP*AP*G)-R(P*(85Y))-D(P*CP*GP*(ATD))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6478
ポリマ－26,4312
非ポリマー2156
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.790, 74.790, 86.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

HOH

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Interleukin-1 alpha / IL-1 alpha / Hematopoietin-1


分子量: 18064.486 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 113-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1A, IL1F1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01583
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*G)-R(P*(85Y))-D(P*GP*AP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*A)-R(P*(85Y))-D(P*GP*GP*G)-R(P*(85Y)P*(85Y))-D(P*AP*GP*AP*G)-R(P*(85Y))-D(P*CP*GP*(ATD))-3')


分子量: 8366.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 151分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na acetate, and 22% polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.77 Å / Num. obs: 16642 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ILA

2ila


解像度: 2.1→64.77 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 787 4.73 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1794 16627 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→64.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 548 9 145 1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3442581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.686966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23160.26481300.21442626X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.40390.27621200.22782625X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.64580.27071320.2172598X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-3.02870.23141640.21062601X-RAY DIFFRACTION99
3.0287-3.81580.18531230.16482658X-RAY DIFFRACTION99
3.8158-64.80060.20091180.14972732X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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