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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ubu | ||||||
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タイトル | 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Acetamidase from Yersinia enterocolitica. | ||||||
要素 | Putative acetamidase/formamidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Acetamidase | ||||||
機能・相同性 | Acetamidase/Formamidase / Acetamidase/Formamidase family / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / Putative acetamidase/formamidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica subsp. palearctica serotype O:3 (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Acetamidase from Yersinia enterocolitica. 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ubu.cif.gz | 525.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ubu.ent.gz | 452.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ubu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ubu_validation.pdf.gz | 452.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ubu_full_validation.pdf.gz | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ubu_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ubu_validation.cif.gz | 70.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37376.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica serotype O:3 (腸炎エルシニア) 株: DSM 13030 / CIP 106945 / Y11 / 遺伝子: Y11_22331 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NNJ4 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / Density meas: 62.4 Mg/m3 / 溶媒含有率: 62.12 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 8.2 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (B11), 2.1M DL-Malic acid (pH 7.0); Cryo: Screen : 50% Sucrose (1:1). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 51774 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2554 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 20.527 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.67 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.485 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.75→29.81 Å
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拘束条件 |
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