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- PDB-5u9n: Second Bromodomain of cdg4_1340 from Cryptosporidium parvum, comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9n
タイトルSecond Bromodomain of cdg4_1340 from Cryptosporidium parvum, complexed with bromosporine
要素Bromo domain containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bromodomain / Ligand / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromosporine / Bromo domain containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
Model detailsIn subunit B the protein appears to be significantly disordered, and while some residues in the ...In subunit B the protein appears to be significantly disordered, and while some residues in the range 413-420 have been placed into the density, there is a possibility that the docking is incorrect. The user should use caution in interpreting these results.
データ登録者Hou, C.F.D. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Second Bromodomain of cdg4_1340 from Cryptosporidium parvum, complexed with bromosporine
著者: Hou, C.F.D. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromo domain containing protein
B: Bromo domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6335
ポリマ－35,7282
非ポリマー9053
水1,35175
1
A: Bromo domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3643
ポリマ－17,8641
非ポリマー5012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromo domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2682
ポリマ－17,8641
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.119, 186.124, 195.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Bromo domain containing protein


分子量: 17863.914 Da / 分子数: 2 / 断片: Second bromodomain (UNP residues 300-450) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_1340 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-V3R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q5CQB7
#2: 化合物 ChemComp-BMF / Bromosporine / ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl)carbamate / ブロモスポリン


分子量: 404.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N6O4S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was crystallized at 293 K in 2.5M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7.0. Bromosporine (ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3- b] ...詳細: The protein was crystallized at 293 K in 2.5M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7.0. Bromosporine (ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3- b]pyridazin-8-yl)carbamate) was added (final concentration of 1 mM)directly to the concentrated protein immediately prior to setting up the crystallization plate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.67 Å / Num. obs: 22425 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 57.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 159515 / Scaling rejects: 1179
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.496.90.6390.8198.6
8.97-33.676.20.0720.995196.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PY6

4py6


解像度: 2.4→32.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
詳細: In subunit B the protein appears to be significantly disordered, and while some residues in the range 413-420 have been placed into the density, there is a possibility that the docking is ...詳細: In subunit B the protein appears to be significantly disordered, and while some residues in the range 413-420 have been placed into the density, there is a possibility that the docking is incorrect. The user should use caution in interpreting these results.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1107 4.95 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.226 22371 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.17 Å2 / Biso mean: 67.55 Å2 / Biso min: 26.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.7804 Å20 Å20 Å2
2--11.833 Å20 Å2
3----4.0526 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→32.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 61 76 2098
Biso mean--92.19 51.25 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes630HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3912HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion265SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4216SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3912HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7003HARMONIC3.80.61
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.22
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 161 5.5 %
Rwork0.291 2768 -
all0.293 2929 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5177-0.69930.19784.8311-0.38012.3122-0.093-0.31790.10740.33830.1378-0.22360.01610.1652-0.0448-0.34180.0557-0.0486-0.1460.0068-0.3611-0.3811217.07205.457
217.3441-1.7510.49742.4579-0.70974.51480.14613.71442.71670.157-0.2766-0.1964-0.1222-0.25790.1306-0.76020.02720.00170.47250.6781-0.29810.476195.686227.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A303 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B306 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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