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- PDB-5u98: The crystal structure of a self-peptide complexed to Abacavir and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u98
タイトルThe crystal structure of a self-peptide complexed to Abacavir and HLA-B*57:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
  • VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / ANTIGEN PRESENTING CELL / T-CELL RECEPTOR / HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN / DRUG HYPERSENSITIVITY / ABACAVIR HYPERSENSITIVITY / REPERTOIRE-ALTERING SMALL MOLECULE / IMMUNE RESPONSE / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection ...negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal ...Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KX / Transcription elongation factor SPT5 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ostrov, D.A. / Bracey, A.W. / Pompeu, Y.A. / Jakoncic, J. / Buus, S. / Buus, A.S. / Schutte, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI103348 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2017
タイトル: Structural Elements Recognized by Abacavir-Induced T Cells.
著者: Yerly, D. / Pompeu, Y.A. / Schutte, R.J. / Eriksson, K.K. / Strhyn, A. / Bracey, A.W. / Buus, S. / Ostrov, D.A.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8108
ポリマ－89,2376
非ポリマー5732
水15,133840
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9054
ポリマ－44,6193
非ポリマー2861
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9054
ポリマ－44,6193
非ポリマー2861
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.134, 132.602, 87.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31867.363 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド VAL-THR-THR-ASP-ILE-GLN-VAL-LYS-VAL


分子量: 1003.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00267*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-1KX / {(1S,4R)-4-[2-amino-6-(cyclopropylamino)-9H-purin-9-yl]cyclopent-2-en-1-yl}methanol / Abacavir


分子量: 286.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M NACACODYLATE, 0.1MNAACETATE, 25% PEG 8,000, 15% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.323 Å / Num. obs: 69488 / % possible obs: 94.95 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 30.398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Coot0.7.2モデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UPR

3upr


解像度: 2→28.323 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 1844 2.89 %0.05
Rwork0.1727 ---
obs0.1739 63913 94.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6232 0 42 840 7114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0528830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9432414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.28361360.22794757X-RAY DIFFRACTION94
2.0541-2.11450.2551420.21324675X-RAY DIFFRACTION94
2.1145-2.18270.26991410.21084674X-RAY DIFFRACTION93
2.1827-2.26070.28281380.20484671X-RAY DIFFRACTION92
2.2607-2.35120.25381350.20094620X-RAY DIFFRACTION93
2.3512-2.45810.29181370.20624636X-RAY DIFFRACTION92
2.4581-2.58760.24271390.19464601X-RAY DIFFRACTION92
2.5876-2.74960.23111320.19464651X-RAY DIFFRACTION92
2.7496-2.96170.2481460.18564731X-RAY DIFFRACTION94
2.9617-3.25940.20861470.17154952X-RAY DIFFRACTION98
3.2594-3.73010.17681490.1555031X-RAY DIFFRACTION100
3.7301-4.69610.18261520.13325021X-RAY DIFFRACTION100
4.6961-28.32630.17451500.15185049X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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