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- PDB-5u95: Structure of the open conformation of 4-coumarate-CoA ligase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u95
タイトルStructure of the open conformation of 4-coumarate-CoA ligase from Nicotiana tabacum
要素4-coumarate--CoA ligase 2
キーワードLIGASE / Lignin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-cinnamate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase / 4-coumarate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase activity / (E)-caffeate-CoA ligase activity / 4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / CoA-ligase activity / response to jasmonic acid ...trans-cinnamate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase / 4-coumarate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase activity / (E)-caffeate-CoA ligase activity / 4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / CoA-ligase activity / response to jasmonic acid / response to wounding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-coumarate--CoA ligase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Morioka, W.P. / Bianchetti, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Wisconsin Oshkosh The Oshkosh Student Scholarship and Creative Activity Program 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the open conformation of 4-coumarate-CoA ligase from Nicotiana tabacum
著者: Morioka, W.P. / Bianchetti, C.M.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-coumarate--CoA ligase 2
B: 4-coumarate--CoA ligase 2
C: 4-coumarate--CoA ligase 2
D: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,1039
ポリマ－237,9024
非ポリマー2005
水7,296405
1
A: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5563
ポリマ－59,4761
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5162
ポリマ－59,4761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5162
ポリマ－59,4761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5162
ポリマ－59,4761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.259, 108.259, 183.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
4-coumarate--CoA ligase 2 / 4CL 2 / 4-coumaroyl-CoA synthase 2


分子量: 59475.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: 4CL2 / プラスミド: pVP-67K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O24146, 4-coumarate-CoA ligase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 25% PEG 6000, 200 mM CaCl2 and 15% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 99637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BSR

5bsr


解像度: 2.25→48.415 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 1936 1.98 %
Rwork0.1929 --
obs0.1943 97856 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15208 0 5 405 15618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18821080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6389481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2503-2.30660.36741260.29266392X-RAY DIFFRACTION92
2.3066-2.3690.33561360.26376572X-RAY DIFFRACTION95
2.369-2.43870.32111290.24826695X-RAY DIFFRACTION96
2.4387-2.51740.29091350.23536767X-RAY DIFFRACTION97
2.5174-2.60730.3331370.22546813X-RAY DIFFRACTION98
2.6073-2.71170.28811390.22276915X-RAY DIFFRACTION99
2.7117-2.83510.29431420.22356940X-RAY DIFFRACTION99
2.8351-2.98460.29021420.21516900X-RAY DIFFRACTION100
2.9846-3.17150.26551390.21046947X-RAY DIFFRACTION100
3.1715-3.41640.26151460.19956965X-RAY DIFFRACTION100
3.4164-3.76010.25391430.17666967X-RAY DIFFRACTION100
3.7601-4.30380.21221380.16056988X-RAY DIFFRACTION100
4.3038-5.42120.23351430.15357010X-RAY DIFFRACTION100
5.4212-48.42610.22461410.17627049X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.27571.4782-0.82415.4902-0.01670.53830.05460.2032-0.1020.20010.1003-0.3362-0.0446-0.0071-0.18850.22660.00690.05250.2075-0.04530.233942.688340.7532-17.9073
21.87230.28450.07492.76220.19281.3127-0.0992-0.0646-0.20110.5001-0.00850.55710.2214-0.27630.08580.4663-0.05970.15460.2138-0.00180.371923.943325.6468-3.9902
30.70750.873-0.50532.9097-0.30391.283-0.0950.0035-0.18530.3720.00420.13330.1226-0.09190.06660.32380.00770.08970.1742-0.00890.299431.270830.1128-7.4065
40.70550.54280.07742.19111.0813.564-0.0923-0.10440.06290.79240.06530.0620.5578-0.42470.00290.584-0.03560.03510.24170.00570.257133.561237.32965.6844
54.7126-0.90710.13233.98560.16134.12520.0676-0.120.20030.9753-0.16250.3806-0.2378-0.02440.05870.5233-0.01550.04850.2249-0.02080.366534.337647.886110.3958
60.52760.711-0.12611.6057-0.43222.1655-0.0065-0.16510.19190.3193-0.0724-0.0699-0.3448-0.07370.06030.470.0511-0.00270.2417-0.01650.332738.862652.2994-1.7774
72.0010.6574-0.92833.6110.7311.58530.06040.37830.3802-0.250.15440.2247-0.2005-0.117-0.19220.33090.07860.02480.22760.07850.24130.99352.931-19.9549
83.4337-1.03830.23071.5819-0.17391.3685-0.04520.385-0.0498-0.3080.01990.2494-0.0424-0.20210.02750.3442-0.125-0.07460.3644-0.01120.299326.070427.2245-52.649
92.3028-0.81620.77611.46010.36073.0937-0.16960.1974-0.0008-0.1440.09680.0356-0.10890.29590.09380.2809-0.10520.05410.3206-0.01350.298740.935621.5487-43.4773
102.5193-0.12910.02981.0562-0.71391.2141-0.06470.84360.1006-0.3193-0.0424-0.2564-0.03010.19010.10730.4247-0.05410.08270.6199-0.03610.342552.939421.9626-57.946
112.7082-1.288-1.7585.13080.91753.5046-0.42010.7526-0.4708-0.8705-0.5322-0.45511.0612-0.82870.73310.6431-0.09550.24570.6225-0.12960.715154.84946.6805-74.3836
122.9920.9866-0.08691.70560.10050.81430.0476-0.2426-0.12510.2557-0.09480.23750.1382-0.05430.04840.34750.09630.04860.39950.01140.2727-26.972926.776-53.8843
132.76691.94450.2882.39830.15862.99140.226-0.746-0.06290.4567-0.2833-0.06490.118-0.27330.07670.41650.07760.04120.4311-0.03130.3041-25.149630.2497-46.8458
141.84740.5406-1.59481.79860.79422.2132-0.1634-0.1116-0.02850.14470.0603-0.09470.09980.27830.09880.28640.0587-0.05190.3650.02350.2374-12.595233.7812-66.4674
152.71840.68970.63521.6281-0.12160.45320.1298-0.7411-0.14350.492-0.1276-0.2257-0.09630.1041-0.00020.42490.0493-0.06410.5857-0.03090.345-2.973934.9525-47.7651
160.9792.3778-1.04856.2749-1.56350.8964-0.03940.1752-0.33880.1099-0.1529-0.74070.0562-0.05370.2350.42910.042-0.18390.5122-0.09830.58491.281918.1227-41.2318
175.25640.41792.58168.96241.1487.5001-0.004-0.64250.11131.1234-0.6913-0.72630.1473-0.78040.58190.42260.0292-0.11920.4936-0.08140.5690.64072.0925-30.7151
181.06471.20440.70071.59370.31011.5466-0.3447-0.11340.261.0207-0.5496-0.8617-0.8871-0.03840.6330.8451-0.1108-0.42820.4761-0.01490.88884.375510.0626-32.2037
191.1841-0.8414-0.1433.0320.21310.82010.07540.0169-0.0703-0.3372-0.0128-0.30750.07030.1894-0.0540.33640.02630.09150.20110.01040.28225.8147-25.6609-7.8741
202.3739-1.4544-1.06733.47221.03162.6358-0.0275-0.08370.0104-0.09440.1262-0.48240.04110.309-0.09010.30230.01040.06060.18930.02960.319628.1952-27.0319-4.2216
211.2091-0.0094-0.55092.1512-0.49770.62360.1490.05220.2618-0.1427-0.0355-0.0702-0.13040.1145-0.08850.40830.02420.08130.2155-0.00740.326420.9069-5.6471-8.622
222.19-1.5968-1.76292.05641.04912.049-0.2419-0.57780.85780.13580.5148-0.45750.36820.0835-0.25990.85120.26770.13650.76530.01080.753448.12961.351311.9728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 31 )
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3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 237 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 273 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 188 through 313 )
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12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 9 through 161 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 162 through 214 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 215 through 313 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 314 through 420 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 421 through 470 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 471 through 503 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 504 through 538 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 9 through 145 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 146 through 214 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 215 through 457 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 458 through 523 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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