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- PDB-5u8i: DNA Polymerase Beta S229L crystallized in PEG 400 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8i
タイトルDNA Polymerase Beta S229L crystallized in PEG 400
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE / LYASE/DNA / DNA Polymerase / Lyase / DNA complex / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / pyrimidine dimer repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / pyrimidine dimer repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / response to hyperoxia / lymph node development / salivary gland morphogenesis / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / spleen development / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron apoptotic process / microtubule binding / DNA-directed DNA polymerase / in utero embryonic development / damaged DNA binding / microtubule / response to ethanol / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Eckenroth, B.E. / Doublie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA080830 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Remote Mutations Induce Functional Changes in Active Site Residues of Human DNA Polymerase beta.
著者: Eckenroth, B.E. / Towle-Weicksel, J.B. / Nemec, A.A. / Murphy, D.L. / Sweasy, J.B. / Doublie, S.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification / _software.name
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7646
ポリマ－47,7184
非ポリマー462
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.965, 78.762, 54.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 38267.750 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA polymerase / 変異: S229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4853.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand, 10mer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Downstream Strand, 5mer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Downstream Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 91分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG 400, 30 mM potassium sodium tartrate, 1% 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 15069 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 95149
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.5440.1880.953176.6
2.54-2.6440.1680.963177.3
2.64-2.764.50.1670.968181.9
2.76-2.94.70.1760.962187.5
2.9-3.095.90.1820.966196.7
3.09-3.326.70.1420.985199.2
3.32-3.667.70.110.993199.7
3.66-4.1980.0920.9951100
4.19-5.278.10.0820.9961100
5.27-407.80.060.999199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISB

3isb


解像度: 2.45→37.726 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2823 10.01 %
Rwork0.1836 --
obs0.1885 28206 87.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.36 Å2 / Biso mean: 33.846 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→37.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 626 2 89 3165
Biso mean--18.19 30.35 -
残基数----349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4354455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4351223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4432-2.48530.3323930.226487596859
2.4853-2.53050.26121110.221972108368
2.5305-2.57910.28281160.22221002111868
2.5791-2.63180.30621020.22991028113072
2.6318-2.6890.27871200.24011048116872
2.689-2.75150.31931570.23271101125878
2.7515-2.82030.33491380.23171150128879
2.8203-2.89650.2661000.22561239133982
2.8965-2.98170.30741220.23821301142389
2.9817-3.07790.28011470.22551329147693
3.0779-3.18790.32651730.21011407158096
3.1879-3.31540.23651710.19471380155197
3.3154-3.46620.24361210.19741426154798
3.4662-3.64880.18631550.17631470162599
3.6488-3.87720.23921900.173214331623100
3.8772-4.17630.18271600.147414821642100
4.1763-4.59590.19491480.139314121560100
4.5959-5.25940.17251440.140614551599100
5.2594-6.62040.18071570.168414721629100
6.6204-37.73060.18621980.15131401159999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87460.0392-0.27841.44230.39971.52550.0089-0.0544-0.10170.0628-0.0132-0.16360.256-0.17610.03310.20210.02010.02080.15850.00630.166831.3137-4.28929.2174
23.13510.1071-0.621.24750.1951.69670.1776-0.5176-0.00660.2077-0.0293-0.0124-0.11290.2242-0.09690.1403-0.00770.01230.21410.00530.139822.00199.91428.83
32.02640.0693-0.42631.48220.14341.23290.21510.16150.065-0.1596-0.12970.16620.0951-0.3427-0.05960.0867-0.0228-0.00790.2865-0.04190.2442-1.56028.167718.1095
43.2509-0.9892-1.82342.90540.04873.3197-0.02370.19190.30980.0290.0389-0.2183-0.06340.42070.04870.30510.09160.04620.28230.04960.205131.739813.9557-3.2239
50.5178-0.05180.02740.76580.76721.34220.01370.21140.34010.0283-0.1865-0.0991-0.1831-0.09330.04820.366-0.07910.01480.07920.00830.351916.930224.447615.0174
60.6716-0.1347-0.11432.0450.33671.08380.035-0.01760.1013-0.4698-0.36990.0109-0.1905-0.17930.12540.3809-0.07530.03650.171-0.07480.237517.473825.795315.9245
70.6345-0.2025-0.07361.9409-1.05641.62020.28110.3320.1564-0.3550.17050.08290.1526-0.33960.17180.4440.00580.11260.12780.22880.013731.15066.2913-4.3684
80.56520.1004-0.35311.6529-0.84021.4505-0.45180.6169-0.2815-1.12870.6068-0.09020.4854-0.2747-0.0990.4805-0.18390.01540.6046-0.11050.30184.25297.9485-5.1852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 89 )A9 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 150 )A90 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 260 )A151 - 260
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'T' and (resid 1 through 5 )T1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 6 through 16 )T6 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 10 )P1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 261 through 335 )A261 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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