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- PDB-5u83: Crystal structure of a MerB-trimethytin complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u83
タイトルCrystal structure of a MerB-trimethytin complex.
要素Alkylmercury lyase
キーワードLYASE / METAL BINDING PROTEIN / Bacterial Proteins / Cysteine / Escherichia coli / Lyases / Mercury / trimethyltin
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #410 / Alkylmercury lyase, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / : / Alkylmercury lyase / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BROMIDE ION / Trimethyltin chloride / Alkylmercury lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.609 Å
データ登録者Wahba, H.M. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Organotin and Organolead Compounds Binding to the Organomercurial Lyase MerB Provide New Insights into Its Mechanism of Carbon-Metal Bond Cleavage.
著者: Wahba, H.M. / Stevenson, M.J. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22018年3月28日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylmercury lyase
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7137
ポリマ－46,1172
非ポリマー5975
水8,377465
1
A: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3173
ポリマ－23,0581
非ポリマー2582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3964
ポリマ－23,0581
非ポリマー3383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.540, 89.072, 54.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alkylmercury lyase / Organomercurial lyase


分子量: 23058.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: merB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase
#2: 化合物 ChemComp-ZN8 / Trimethyltin chloride / トリメチルすず(IV)クロリド


分子量: 199.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9ClSn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23 % polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide. Before flash freezing, the same precipitant was used except 25% polyethylene glycol MME was used as a cryo-protectant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 45723 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 17.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F0P

3f0p


解像度: 1.609→33.586 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 3869 4.37 %
Rwork0.159 84621 -
obs0.1608 88490 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.94 Å2 / Biso mean: 24.7003 Å2 / Biso min: 6.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.609→33.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 23 465 3666
Biso mean--22.49 34 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4014485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6095-1.62910.2727930.24192064215766
1.6291-1.64970.27751060.24682274238071
1.6497-1.67140.27071100.22652484259478
1.6714-1.69430.29421220.20562670279285
1.6943-1.71850.22311280.20362805293388
1.7185-1.74420.21831340.20242945307992
1.7442-1.77140.24241430.20223126326998
1.7714-1.80050.24541410.1953105324698
1.8005-1.83150.21011480.18543205335399
1.8315-1.86480.22461450.17233106325199
1.8648-1.90070.24551430.16873128327199
1.9007-1.93950.20341490.15643184333399
1.9395-1.98160.19671410.158831373278100
1.9816-2.02770.16081450.152131993344100
2.0277-2.07840.18091430.15731153258100
2.0784-2.13460.21421450.160732033348100
2.1346-2.19740.21881480.152231603308100
2.1974-2.26830.2171420.147832163358100
2.2683-2.34940.19461440.145431123256100
2.3494-2.44340.22791410.154531793320100
2.4434-2.55460.19131480.153831873335100
2.5546-2.68920.18141430.144831323275100
2.6892-2.85760.17541500.157531873337100
2.8576-3.07810.20111430.162931473290100
3.0781-3.38760.17591470.15543163331099
3.3876-3.87720.20551470.146131873334100
3.8772-4.88250.1951400.134531463286100
4.8825-33.59360.18271400.16693055319596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4718-0.1809-0.00310.45430.17181.137-0.02050.0023-0.02180.0902-0.02070.02890.02470.0014-0.00590.0869-0.0028-0.00150.0637-0.00410.090111.2255-2.831635.5243
20.2803-0.00380.08130.6832-0.14190.83890.0380.0287-0.0234-0.0077-0.07880.00820.0072-0.0167-0.03980.06630.00750.00230.11070.00850.10481.0381-6.25210.6033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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