PDB-5u7c: Crystal structure of the lead-bound form of MerB formed from diet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u7c

タイトル

Crystal structure of the lead-bound form of MerB formed from diethyllead.

要素

Alkylmercury lyase

キーワード

LYASE / METAL BINDING PROTEIN / Bacterial Proteins / Cysteine / Escherichia coli / Lyases / Mercury / Diethyllead

機能・相同性

機能・相同性情報

alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wahba, H.M. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Organotin and Organolead Compounds Binding to the Organomercurial Lyase MerB Provide New Insights into Its Mechanism of Carbon-Metal Bond Cleavage.
著者: Wahba, H.M. / Stevenson, M.J. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.

履歴

登録	2016年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u7c.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u7c.ent.gz	201.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u7c_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u7c_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	5u7c_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5u7c_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u79C 5u7aC 5u7bC 5u82C 5u83C 5u88C 3f0p 5c17 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u88-2 5u7a-2 5u82-1 3fn8-1 5c0t-2 5c0u-2 5dsf-1 5u82-2 5u79-1 5u83-1 5u88-1 5c0t-1 3fn8-2 5u7b-2 5dsf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkylmercury lyase

B: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.066, 88.675, 54.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alkylmercury lyase / Organomercurial lyase 分子量: 23058.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: merB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase
#2: 化合物	ChemComp-ZN7 / DIETHYLLEAD DIBROMIDE 分子量: 425.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀Br₂Pb
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23 % polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide. Before flash freezing, the same precipitant was used except 25% polyethylene glycol MME was used as a cryo-protectant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 35220 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.75→46.281 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 22.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	3908	5.68 %
R_work	0.1699	-	-
obs	0.1717	35220	96.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.78 Å² / B_iso mean: 35.1785 Å² / B_iso min: 12.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→46.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	17	298	3493
B_iso mean	-	-	23.24	40.6	-
残基数	-	-	-	-	416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	4475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.571	1961

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7503-1.7716	0.3611	101	0.3806	1702	1803	71
1.7716-1.7941	0.3861	115	0.3229	1941	2056	81
1.7941-1.8177	0.3259	134	0.2992	2161	2295	87
1.8177-1.8426	0.283	134	0.271	2228	2362	96
1.8426-1.8689	0.2822	142	0.2558	2391	2533	99
1.8689-1.8968	0.2749	149	0.2443	2418	2567	98
1.8968-1.9264	0.2877	143	0.2243	2414	2557	99
1.9264-1.958	0.2819	143	0.2146	2315	2458	98
1.958-1.9918	0.2265	146	0.199	2402	2548	99
1.9918-2.028	0.2131	142	0.1979	2383	2525	99
2.028-2.067	0.2268	137	0.1944	2372	2509	99
2.067-2.1092	0.2549	148	0.1931	2392	2540	99
2.1092-2.1551	0.2469	142	0.1819	2373	2515	99
2.1551-2.2052	0.2286	143	0.1703	2397	2540	99
2.2052-2.2603	0.1992	145	0.1634	2416	2561	99
2.2603-2.3214	0.1926	142	0.1565	2346	2488	99
2.3214-2.3897	0.2135	145	0.1623	2421	2566	99
2.3897-2.4669	0.2158	140	0.1693	2366	2506	99
2.4669-2.555	0.1987	143	0.1696	2376	2519	99
2.555-2.6573	0.2283	142	0.16	2368	2510	99
2.6573-2.7783	0.2148	147	0.1604	2406	2553	99
2.7783-2.9247	0.2146	142	0.1729	2377	2519	97
2.9247-3.1079	0.2156	145	0.1615	2348	2493	98
3.1079-3.3478	0.1806	140	0.1618	2333	2473	98
3.3478-3.6846	0.1677	141	0.1517	2344	2485	97
3.6846-4.2174	0.1819	140	0.1369	2359	2499	97
4.2174-5.3123	0.124	141	0.136	2298	2439	96
5.3123-46.2971	0.1937	136	0.1627	2290	2426	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4731	-0.4211	-0.0294	0.8894	-0.0787	1.737	-0.0214	-0.0024	-0.0579	0.0868	-0.0339	0.0749	-0.0751	-0.023	-0.0007	0.1519	-0.0212	0.0097	0.1317	-0.0102	0.1758	10.3523	-2.8626	35.7076
2	0.5243	-0.1205	0.0163	0.8831	-0.1352	1.639	0.0247	0.0462	-0.0033	-0.012	-0.0478	-0.0029	-0.0322	-0.0947	0.0001	0.1367	0.0422	-0.0021	0.2182	0.0223	0.1887	0.2736	-6.113	10.6905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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