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- PDB-5u22: Structure of N2152 from Neocallimastix frontalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u22
タイトルStructure of N2152 from Neocallimastix frontalis
要素N2152
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase / TIM Barrel / Beta Sandwich
機能・相同性Glycosyl hydrolases family 39 / Glycoside hydrolase superfamily / IODIDE ION / N2152
機能・相同性情報
生物種Neocallimastix frontalis (菌類)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Jones, D.R. / Abbott, D.W.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and characterization of family 39 glycoside hydrolases from rumen anaerobic fungi with polyspecific activity on rare arabinosyl substrates.
著者: Jones, D.R. / Uddin, M.S. / Gruninger, R.J. / Pham, T.T.M. / Thomas, D. / Boraston, A.B. / Briggs, J. / Pluvinage, B. / McAllister, T.A. / Forster, R.J. / Tsang, A. / Selinger, L.B. / Abbott, D.W.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N2152
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,50418
ポリマ－47,4591
非ポリマー2,04517
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.986, 104.793, 49.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 N2152


分子量: 47459.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neocallimastix frontalis (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A247D6Y4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, Sodium Iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.748→30 Å / Num. obs: 35446 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 19.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/av σ(I): 12.291 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.783.10.3810.764198.8
1.78-1.812.80.3440.814197.2
1.81-1.852.70.3030.835197.8
1.85-1.892.90.2770.878198.2
1.89-1.933.20.2420.886199.3
1.93-1.973.50.2230.92199.7
1.97-2.023.70.2010.939199.7
2.02-2.0740.1840.94199.8
2.07-2.144.20.1620.959199.9
2.14-2.24.90.1530.9671100
2.2-2.285.10.1450.9751100
2.28-2.375.30.1280.9811100
2.37-2.485.50.1160.985199.9
2.48-2.615.80.1080.9871100
2.61-2.786.20.1010.9881100
2.78-2.996.60.0880.9911100
2.99-3.296.70.0810.9931100
3.29-3.776.90.0770.9921100
3.77-4.746.80.0810.9911100
4.74-3060.0980.986199.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.748→28.955 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1942 1850 5.24 %
Rwork0.1556 --
obs0.1576 35312 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89 Å2 / Biso mean: 19.3544 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.748→28.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 39 314 3527
Biso mean--31.17 25.98 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8614464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8581938
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7479-1.79510.24911270.18822373250092
1.7951-1.84790.23181510.17982528267997
1.8479-1.90760.21391500.17612511266198
1.9076-1.97570.22071540.16642609276399
1.9757-2.05480.22491190.149326112730100
2.0548-2.14830.2071530.161325762729100
2.1483-2.26150.21431340.15525852719100
2.2615-2.40320.21241460.153325792725100
2.4032-2.58860.2191560.164426022758100
2.5886-2.84890.18331470.160226202767100
2.8489-3.26070.21571200.158726132733100
3.2607-4.10620.18871420.13926412783100
4.1062-28.9590.13961510.15112614276599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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