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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u0q | ||||||
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タイトル | RNA-DNA heptamer duplex with one 2'-5'-linkage | ||||||
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![]() | RNA / DNA / 2'-5'-LINKAGE / RNA-DNA | ||||||
機能・相同性 | : / DNA/RNA hybrid / RNA![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, Z. / Sheng, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: RNA-DNA heptamer duplex with one 2'-5'-linkage 著者: Luo, Z. / Sheng, J. / Wang, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5tkoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2157.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2258.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 0.020 M Hexamine cobalt(III) chloride, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 14036 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.48 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5TKO 解像度: 1.43→18.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 3.572 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.656 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.43→18.11 Å
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拘束条件 |
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