PDB-5u0l: X-ray crystal structure of fatty aldehyde dehydrogenase enzymes f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u0l

タイトル

X-ray crystal structure of fatty aldehyde dehydrogenase enzymes from Marinobacter aquaeolei VT8 complexed with a substrate

要素

N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase / succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase activity / L-arginine catabolic process to succinate / L-arginine catabolic process to L-glutamate
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinobacter hydrocarbonoclasticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.285 Å

データ登録者

Shi, K. / Mulliner, K. / Barney, B.M. / Aihara, H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CBET-1437758	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	0968781	米国

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Five Fatty Aldehyde Dehydrogenase Enzymes from Marinobacter and Acinetobacter spp. and Structural Insights into the Aldehyde Binding Pocket.
著者: Bertram, J.H. / Mulliner, K.M. / Shi, K. / Plunkett, M.H. / Nixon, P. / Serratore, N.A. / Douglas, C.J. / Aihara, H. / Barney, B.M.

履歴

登録	2016年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u0l.cif.gz	379.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u0l.ent.gz	313.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u0mC 3ju8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u0m-d 4i3u-4 2w8o-3 4nmk-3 6rtr-d 4kna-d 4go4-3 4go4-1 6pop-2 4i3x-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase

B: N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.710, 98.710, 254.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase / Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase / SGSD 分子量: 53368.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinobacter hydrocarbonoclasticus (strain ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8) (バクテリア) 株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: astD, Maqu_3316 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A1U5W8, succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase

#1: タンパク質

N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase / Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase / SGSD

分子量: 53368.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Marinobacter hydrocarbonoclasticus (strain ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8) (バクテリア)
株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: astD, Maqu_3316 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A1U5W8, succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 73分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-8YP / decanal / デカナ-ル分子量: 156.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50%MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.285→92.041 Å / Num. obs: 57651 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_sym value: 0.171 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.285→2.35 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 5.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC_1/2: 0.559 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2706	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JU8

3ju8

解像度: 2.285→34.899 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2696	2742	4.86 %
R_work	0.2139	-	-
obs	0.2166	56469	97.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.285→34.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7350	0	62	60	7472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	10257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.214	4478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1135
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2852-2.3246	0.4872	105	0.4148	2202	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3246-2.3669	0.4388	130	0.418	2494	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3669-2.4124	0.4463	109	0.3965	2594	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4124-2.4616	0.4076	136	0.368	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4616-2.5151	0.3703	145	0.3505	2542	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5151-2.5736	0.4311	154	0.3134	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5736-2.638	0.3465	118	0.2932	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.638-2.7093	0.3003	145	0.2658	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7093-2.7889	0.3373	145	0.259	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7889-2.8789	0.3745	134	0.2512	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8789-2.9818	0.3044	132	0.2505	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9818-3.1011	0.2898	144	0.2407	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1011-3.2421	0.2593	124	0.2252	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2421-3.4129	0.2818	174	0.21	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4129-3.6265	0.2845	144	0.2075	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6265-3.9062	0.2491	144	0.1906	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9062-4.2987	0.2372	134	0.1725	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2987-4.9192	0.1979	137	0.1585	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9192-6.1921	0.2486	123	0.1934	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1921-34.9033	0.2295	165	0.1812	2999	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5965	0.4653	0.4956	0.386	0.1574	1.0194	-0.1608	-0.4554	0.1237	0.4203	0.1928	-0.0804	-0.173	0.0326	0	0.7598	0.0299	0.0039	0.5103	-0.0158	0.518	40.129	10.4617	57.2727
2	0.7387	-0.165	0.0802	0.4997	0.1257	1.4155	-0.0027	-0.1631	-0.0611	0.061	0.0527	0.1023	-0.024	-0.0192	0	0.587	-0.0368	-0.0249	0.4022	0.0461	0.5396	35.6509	1.9589	43.5632
3	1.2838	0.1276	0.1935	1.9253	0.107	0.6486	0.0409	0.084	0.1839	-0.1652	0.1089	0.0612	-0.1218	0.0489	-0	0.683	0.1592	-0.0875	0.5719	0.0735	0.6673	22.0896	17.8809	25.6188
4	0.4844	-0.83	-0.4547	0.2456	-0.3157	0.2962	0.1724	0.1816	-0.1552	-0.0831	-0.0793	0.1184	0.1276	0.1407	0.0148	0.7114	0.0232	-0.114	0.5271	0.0013	0.5559	41.2157	-7.0781	28.5871
5	0.7604	-0.3098	-0.5262	0.3484	-0.0992	1.1591	0.0599	0.1691	-0.0249	-0.1324	-0.076	0.0575	0.3544	0.4472	-0	0.6438	0.1048	-0.0425	0.6612	0.0032	0.5213	61.7411	-11.7949	13.6759
6	0.0329	0.051	-0.1488	0.1511	-0.2364	0.6221	0.2197	-0.1834	-0.1383	-0.0173	-0.0491	0.0212	0.125	0.0866	-0	0.627	0.0472	-0.069	0.5595	0.0142	0.6093	44.011	-8.7807	24.0162
7	0.3993	0.2871	-0.2481	0.2864	-0.4743	0.8977	-0.0123	0.0162	-0.0471	0.0064	-0.1131	0.0876	0.1377	0.538	0.0002	0.536	0.079	-0.0469	0.6066	0.0142	0.4914	59.4441	-3.3227	19.2098
8	0.3798	0.1323	-0.0662	0.0827	0.1448	0.2068	-0.1223	-0.4105	-0.0618	0.4166	0.1027	0.0099	-0.1086	0.4376	0	0.818	0.3028	-0.0759	1.1608	0.1075	0.6893	71.3657	-22.0962	42.7466
9	0.063	-0.1961	0.0901	0.1076	-0.0888	0.0159	0.1226	0.0469	-0.139	0.3199	-0.0989	-0.1256	-0.1428	0.4487	0	0.8927	0.2018	-0.2152	1.1521	0.1269	0.7251	76.8514	-21.2071	45.7217
10	0.201	0.1622	-0.1357	0.1216	-0.0785	0.0613	0.259	0.2262	0.0088	0.1423	-0.3347	-0.7985	0.4636	1.079	0.0002	0.6549	0.2125	-0.0139	1.4244	0.0801	0.9	83.115	-14.1377	31.0473
11	0.2349	0.0994	-0.1083	1.0885	0.3391	0.1041	0.2901	-0.2804	-0.1067	0.2366	-0.1232	-0.0693	-0.0815	0.6815	0.0059	0.8153	0.2589	-0.1989	1.3815	0.1122	0.7699	79.0268	-12.1576	43.9254
12	0.4543	0.1887	0.1795	0.2414	-0.1331	0.2302	0.1031	-0.1564	-0.2551	-0	-0.3037	0.4621	0.0713	0.1578	-0.0001	0.8976	0.2219	-0.0986	0.7554	0.0956	0.6367	61.4852	-17.9708	46.0991
13	0.3358	-0.8237	0.0625	0.2415	-0.0717	0.5951	0.2921	-0.324	-0.1073	0.0061	-0.1367	0.0324	0.1331	-0.0248	0	0.5745	-0.0243	-0.0329	0.393	0.0333	0.5007	35.5201	-4.432	29.767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 279 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 280 through 400 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 401 through 490 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 121 through 153 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 154 through 248 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 249 through 278 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 279 through 309 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 310 through 345 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 346 through 400 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 401 through 443 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 444 through 490 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 73分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 73分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 73分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)