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- PDB-5tz5: Crystal Structure of CurK Dehydratase H996F Inactive Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tz5
タイトルCrystal Structure of CurK Dehydratase H996F Inactive Mutant
要素CurK
キーワードLYASE / dehydratase / curacin / polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / Polyketide synthase dehydratase / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : ...: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / Polyketide synthase dehydratase / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Moorea producens 3L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.428 Å
データ登録者Dodge, G.J. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Vinylogous Dehydration by a Polyketide Dehydratase Domain in Curacin Biosynthesis.
著者: Fiers, W.D. / Dodge, G.J. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CurK
B: CurK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4482
ポリマ－65,4482
非ポリマー00
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.113, 94.567, 152.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CurK / Polyketide synthase module


分子量: 32723.859 Da / 分子数: 2 / 変異: H996F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア)
遺伝子: LYNGBM3L_74450 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRARE AI / 参照: UniProt: F4Y425
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.3 M Tri-Sodium Citrate, 30mm D(+) sucrose, 100mm tris ph 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.428→40.15 Å / Num. obs: 100090 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.15
反射 シェル解像度: 1.428→1.479 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 87

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3kg9

3kg9


解像度: 1.428→40.148 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 4989 4.98 %
Rwork0.1872 95099 -
obs0.1884 100088 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.84 Å2 / Biso mean: 28.3549 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.428→40.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4383 0 0 168 4551
Biso mean---27.87 -
残基数----560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2716152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6011660
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4284-1.44460.28361410.25342477261878
1.4446-1.46160.23311440.24042888303288
1.4616-1.47950.2871720.22553021319395
1.4795-1.49820.22921730.21343074324796
1.4982-1.51790.23811900.21243074326496
1.5179-1.53870.24451500.20053154330498
1.5387-1.56070.23231590.19163101326097
1.5607-1.5840.22861600.1893136329696
1.584-1.60870.24341710.18563149332099
1.6087-1.63510.22661600.18853169332997
1.6351-1.66330.22221620.1793145330796
1.6633-1.69360.19841750.185731703345100
1.6936-1.72610.23681560.18043157331396
1.7261-1.76140.20911780.183145332399
1.7614-1.79970.19951520.17593178333098
1.7997-1.84150.21761700.18773170334098
1.8415-1.88760.20721640.19493248341299
1.8876-1.93860.22241650.19213151331698
1.9386-1.99570.21681760.1913215339198
1.9957-2.06010.21311440.18673230337499
2.0601-2.13370.20691980.19243189338798
2.1337-2.21910.20161560.182232653421100
2.2191-2.32010.20271580.19193233339199
2.3201-2.44240.24821840.19613226341099
2.4424-2.59540.23931570.20093283344099
2.5954-2.79580.21341790.204932833462100
2.7958-3.0770.23651550.206133143469100
3.077-3.5220.18451640.191733553519100
3.522-4.43650.19151820.160333533535100
4.4365-40.16370.19931940.173835463740100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3039-0.4025-0.09711.7323-0.90172.2745-0.0361-0.0838-0.0820.0496-0.04690.03410.1992-0.0123-0.03570.1481-0.0050.02430.11980.00510.160513.279819.5181-22.617
22.11790.97860.56472.32710.21541.79570.0117-0.095-0.05490.0149-0.06710.1760.138-0.08750.02740.117-0.00230.01410.1720.00050.169918.833122.2556-26.5279
32.37631.08680.12312.62490.45881.3658-0.0466-0.0312-0.30150.11610.0842-0.25120.18890.13460.06390.16640.0259-0.00420.14020.00770.172922.335216.8225-23.0298
40.0717-0.38320.06711.6264-0.30981.04810.0985-0.08130.3177-0.1401-0.044-0.2839-0.53440.20230.24970.2532-0.143-0.02120.31660.09740.32818.445746.0197-39.2617
51.08390.12030.07021.342-0.19821.6849-0.00510.16880.0783-0.17450.05830.1307-0.0078-0.1337-0.04860.1359-0.012-0.02470.16770.02520.17886.337932.9263-37.7453
61.5116-0.27380.13342.0848-0.30372.0960.02490.3040.0336-0.2909-0.0621-0.03890.0860.05690.05810.1578-0.01010.00280.21680.02020.169117.378732.8747-38.6791
70.81620.2779-0.09091.0677-1.4033.39090.11040.24430.06-0.6093-0.3443-0.20030.1590.18190.00470.35380.10560.0850.19730.06870.116518.46363.1855-9.5916
81.4876-0.4991-0.31261.7563-0.22342.09010.04270.05580.0315-0.1757-0.0798-0.06680.0539-0.06310.04660.15540.00030.04020.12710.03240.1420.7855-1.75224.7403
91.6738-0.0203-0.72942.87530.65643.7152-0.00050.267-0.1166-0.7106-0.286-0.34110.20990.1409-0.42840.36110.07180.15690.18550.06660.184626.309-0.0293-7.5924
100.7911-0.10350.05841.8604-0.78121.65260.0173-0.0081-0.1142-0.1302-0.1278-0.15480.20830.14940.08520.1810.01190.04590.20390.02760.198725.1642-12.179712.7255
111.1372-0.2338-0.32572.1425-0.37352.1108-0.017-0.1515-0.01180.04430.005-0.11760.07060.07950.04860.1784-0.02550.02990.17540.00620.188522.0209-12.183416.266
121.0094-0.6381-0.282.1477-0.38352.6150.0346-0.02920.0045-0.1497-0.1084-0.28480.16140.20550.08080.18830.00110.03830.1750.03460.17327.1181-15.65319.002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 962 through 1019 )A962 - 1019
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1020 through 1044 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1045 through 1089 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1090 through 1112 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1113 through 1179 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1180 through 1247 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 962 through 985 )B962 - 985
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 986 through 1045 )B986 - 1045
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1046 through 1067 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1068 through 1123 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1124 through 1194 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1195 through 1250 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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