[日本語] English
万見
- PDB-5tz1: Crystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Can... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tz1
タイトルCrystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Candida albicans in complex with the tetrazole-based antifungal drug candidate VT1161 (VT1)
要素Sterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYP51 / cytochrome P450 / heme / oxidoreductase / monooxygenase / sterol biosynthesis / eukaryotic membranes / cytochrome P450 fold / endoplasmic reticulum membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell growth mode switching, budding to filamentous / membrane raft polarization / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / cortical endoplasmic reticulum / endosome organization / ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity ...cell growth mode switching, budding to filamentous / membrane raft polarization / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / cortical endoplasmic reticulum / endosome organization / ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / methyltransferase activity / lipid metabolic process / methylation / oxidoreductase activity / iron ion binding / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-VT1 / Lanosterol 14-alpha demethylase / CYP51 variant1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hargrove, T. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of Candida albicans sterol 14 alpha-demethylase complexed with azole drugs address the molecular basis of azole-mediated inhibition of fungal sterol biosynthesis.
著者: Hargrove, T.Y. / Friggeri, L. / Wawrzak, Z. / Qi, A. / Hoekstra, W.J. / Schotzinger, R.J. / York, J.D. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sterol 14-alpha demethylase
B: Sterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1586
ポリマ－112,8702
非ポリマー2,2884
水5,693316
1
A: Sterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5793
ポリマ－56,4351
非ポリマー1,1442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5793
ポリマ－56,4351
非ポリマー1,1442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.640, 71.440, 79.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Sterol 14-alpha demethylase / CYP51 / Cytochrome P-450 lanosterol 14-alpha-demethylase


分子量: 56435.188 Da / 分子数: 2 / 変異: A48P, S263L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: CYP51, ERG11 / Variant: 1 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): HMS-174
参照: UniProt: Q9P4W0, UniProt: P10613*PLUS, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-VT1 / (R)-2-(2,4-Difluorophenyl)-1,1-difluoro-3-(1H-tetrazol-1-yl)-1-(5-(4-(2,2,2-trifluoroethoxy)phenyl)pyridin-2-yl)propan-2-ol


分子量: 527.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16F7N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.4, 0.2 M sodium chloride, 10% PEG6000, 0.03 mM n-Tridecyl-b-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97849 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.61 Å / Num. obs: 65813 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.943 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5FSA

5fsa


解像度: 2→49.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.117 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22442 3313 5 %RANDOM
Rwork0.21766 ---
obs0.218 62497 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.92 Å20 Å20.99 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7857 0 160 320 8337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.028259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9851.98311233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7593.00117687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2865966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0823.545378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.996151377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4021546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6773.9323870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6723.9323869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8725.8844834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8725.8844835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8094.3684389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8084.3684390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0176.3976400
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.67649.50210407
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.63949.410349
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 247 -
Rwork0.323 4476 -
obs--96.11 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る