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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5txj | ||||||
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タイトル | Polymorphic form 1 of amyloid-beta derived peptide - IFAEDV | ||||||
要素 | amyloid-beta derived peptide | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / protein fibril | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å | ||||||
Model details | amyloid fibril | ||||||
データ登録者 | Sangwan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018 タイトル: Distal amyloid beta-protein fragments template amyloid assembly. 著者: Do, T.D. / Sangwan, S. / de Almeida, N.E.C. / Ilitchev, A.I. / Giammona, M. / Sawaya, M.R. / Buratto, S.K. / Eisenberg, D.S. / Bowers, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5txj.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5txj.ent.gz | 5.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5txj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5txj_validation.pdf.gz | 418.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5txj_full_validation.pdf.gz | 418.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5txj_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5txj_validation.cif.gz | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a pair of beta sheets. As an example, symmetry operators to generate a pair of sheets with 4 strands in each sheet is provided |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 692.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 11.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: reservoir contained 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→100 Å / Num. obs: 2605 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6 RESIDUE BETA STRAND 解像度: 1.13→19.94 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 16.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.73 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→19.94 Å
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