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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tvl | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of foldase protein PrsA from Streptococcus pneumoniae str. Canada MDR_19A | |||||||||
![]() | Foldase protein PrsA | |||||||||
![]() | ISOMERASE / foldase prsA surface-exposed protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Borek, D. / Yim, V. / Kudritska, M. / Wawrzak, Z. / Stogios, P.J. / Otwinowski, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of foldase protein PrsA from Streptococcus pneumoniae str. Canada MDR_19A 著者: Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 368.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31890.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Canada MDR_19A / 遺伝子: prsA, SPH_1082 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.05 M CAPSO pH 11 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 43458 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 20.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 90.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.404 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.55→50 Å
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拘束条件 |
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