PDB-5tt1: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tt1

タイトル

Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans

要素

Putative short-chain alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / penicillin binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative short-chain alcohol dehydrogenase from Burkholderia multivorans
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tt1.cif.gz	273.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tt1.ent.gz	219.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tt1_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tt1_full_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示
XML形式データ	5tt1_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	5tt1_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wqm-1 5wqm-2 5wqn-2 1fbt-d 1c7z-d 1tip-d 1n3f-1 5e5s-d 6p8c-d 3ssc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BumuA.00010.z

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

C: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

81 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

C: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.070, 53.190, 66.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.390, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative short-chain alcohol dehydrogenase 分子量: 26763.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_04988 / プラスミド: BumuA.00010.z.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KNM5, UniProt: A0A0H2WVW5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...詳細: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, and ammonium sulfate

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BumuA.00010.z.B1.PS37887 at 25 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(c2): 10% (w/v) PEG-8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 61331 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.25 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.59

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	% possible all
1.8-1.85		0.489	2.54	17200	0.828	99.3
1.85-1.9		0.419	2.98		0.884	99.4
1.9-1.95		0.267	4.7		0.97	95.3
1.95-2.01		0.242	5.22		0.947	99.3
2.01-2.08		0.183	6.71		0.969	99.6
2.08-2.15		0.155	8.01		0.977	99.8
2.15-2.23		0.13	9.23		0.984	99.5
2.23-2.32		0.093	12.18		0.99	97.6
2.32-2.43		0.086	13.18		0.991	99.9
2.43-2.55		0.076	15.08		0.993	99.8
2.55-2.68		0.066	16.95		0.993	99.8
2.68-2.85		0.057	19		0.995	99.8
2.85-3.04		0.051	21.43		0.996	99.9
3.04-3.29		0.045	24.4		0.996	99.9
3.29-3.6		0.04	27.01		0.997	99.7
3.6-4.02		0.041	28.13		0.996	99.2
4.02-4.65		0.038	30.11		0.997	99.8
4.65-5.69		0.037	29.96		0.996	99.9
5.69-8.05		0.038	29.53		0.997	99.6
	8.05	0.037	30.55		0.997	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.11_2563)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MoRDa		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IDQ

5idq

解像度: 1.8→40.619 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	2067	3.39 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1774	60968	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.44 Å² / B_iso mean: 27.7366 Å² / B_iso min: 9.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→40.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4917	0	44	558	5519
B_iso mean	-	-	55.39	35.7	-
残基数	-	-	-	-	658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	6954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.189	3108

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8418	0.2746	125	0.2216	3950	4075	99
1.8418-1.8879	0.2844	133	0.2164	3938	4071	100
1.8879-1.939	0.4508	110	0.3788	3530	3640	89
1.939-1.996	0.2604	135	0.2129	3887	4022	99
1.996-2.0604	0.2243	138	0.1993	3969	4107	100
2.0604-2.1341	0.2614	146	0.1842	3964	4110	100
2.1341-2.2195	0.2411	152	0.181	3908	4060	100
2.2195-2.3205	0.3152	114	0.256	3789	3903	95
2.3205-2.4428	0.1861	148	0.1698	3953	4101	100
2.4428-2.5959	0.2172	135	0.1735	3976	4111	100
2.5959-2.7963	0.2297	126	0.1776	3986	4112	100
2.7963-3.0776	0.2297	137	0.1758	3987	4124	100
3.0776-3.5227	0.1854	168	0.1629	3981	4149	100
3.5227-4.4373	0.1553	145	0.1392	4005	4150	99
4.4373-40.6292	0.1581	155	0.1397	4078	4233	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.725	0.3681	-0.1228	4.2977	-0.3147	1.4283	-0.0075	0.1295	0.1079	-0.0421	-0.0864	0.3047	-0.0764	-0.1919	0.0817	0.2092	0.0499	-0.0066	0.1766	0.0076	0.1379	-18.9595	-4.0084	12.1395
2	6.2473	-0.8227	0.4578	2.528	0.6018	1.3049	0.1407	0.074	-0.1897	-0.273	-0.051	-0.0209	-0.0079	-0.106	-0.1081	0.2393	0.0162	0.0119	0.1987	0.0049	0.1194	-10.2963	-10.8331	10.5325
3	1.0183	-0.3854	0.812	0.8495	-0.052	1.4119	-0.0708	0.0823	0.2783	-0.0773	-0.0614	-0.0088	-0.2724	-0.0689	0.0763	0.2166	0.0143	-0.0111	0.1164	0.0193	0.2065	-6.2155	2.4857	23.9702
4	4.0064	1.2204	0.1914	3.0127	0.7004	3.0963	-0.0159	0.328	-0.3337	-0.0966	0.088	-0.0698	0.3996	-0.0684	-0.0606	0.2292	-0.0099	-0.0097	0.2153	0.0116	0.1267	-34.0804	20.383	7.4228
5	0.9116	0.1279	1.3988	0.2529	0.3698	2.5029	0.2701	0.1776	-0.0816	-0.1638	-0.1097	0.0369	0.7936	0.1608	-0.1679	0.3011	0.0228	0.016	0.202	0.0199	0.2033	-29.8246	21.5222	21.8526
6	1.7042	0.4526	-0.0019	0.554	0.4235	1.8965	0.0107	-0.0411	-0.0328	0.0521	-0.0239	0.1634	0.1754	-0.2702	-0.0043	0.1544	-0.0204	0.0221	0.1429	0.0027	0.1615	-37.8483	26.3464	24.891
7	3.0395	0.8186	0.4048	4.2708	2.4713	1.9311	-0.0021	-0.4411	0.1681	0.0867	0.0049	-0.3105	-0.1683	0.0984	0.0471	0.29	0.0771	0.0036	0.3652	0.0303	0.1924	-17.0962	32.7779	58.909
8	2.5621	0.1569	-0.191	2.6951	0.4197	1.5666	-0.0802	-0.2472	0.0794	0.0637	0.1062	-0.2352	0.058	0.4365	-0.0277	0.212	0.0228	-0.0092	0.2942	0.0074	0.1312	-12.3618	34.7307	54.9413
9	1.4905	-0.2158	0.4312	0.9102	-0.5049	3.0364	-0.0333	-0.1318	-0.0538	0.1255	0.0182	0.0536	0.0721	-0.0166	0.0222	0.1539	0.0047	0.0174	0.1064	-0.0018	0.11	-24.6382	30.241	41.4916
10	3.6543	0.0038	0.856	1.6709	1.4097	2.8375	-0.1107	-0.5197	0.119	0.1705	-0.0996	0.1221	0.0434	-0.448	0.1822	0.2197	0.0254	0.0477	0.2879	-0.005	0.1329	-33.1506	33.4892	52.575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 54 )	A	8 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 78 )	A	55 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 237 )	A	79 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 78 )	B	7 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 79 through 106 )	B	79 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 107 through 237 )	B	107 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 6 through 18 )	C	6 - 18
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 19 through 78 )	C	19 - 78
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 79 through 177 )	C	79 - 177
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 178 through 237 )	C	178 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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