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- PDB-5tpn: Crystal structure of RSV F in complex with human antibody hRSV90 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpn
タイトルCrystal structure of RSV F in complex with human antibody hRSV90
要素
  • Fusion glycoprotein F0,Fibritin
  • hRSV0 light chain
  • hRSV90 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / fusion protein / respiratory syncytial virus / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.141 Å
データ登録者Mousa, J.J. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RSV F in complex with human antibody hRSV90
著者: Mousa, J.J. / Crowe, J.E.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
H: hRSV90 heavy chain
L: hRSV0 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6773
ポリマ－103,6773
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.250, 148.250, 538.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Fibritin / Protein F


分子量: 56137.848 Da / 分子数: 1 / 変異: N67I, S215P, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
株: A2 / 遺伝子: wac / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: Q38650
#2: 抗体 hRSV90 heavy chain


分子量: 24236.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 hRSV0 light chain


分子量: 23302.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG, 400/200 mM MgCl2, 6H2O/100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.289 Å / Num. obs: 30527 / % possible obs: 75.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 6.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C6B, 4Q9Q

5c6b

4q9q


解像度: 3.141→49.289 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1541 5.05 %
Rwork0.2243 --
obs0.2263 30517 75.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.141→49.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7073 0 0 0 7073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4529812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3662645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1407-3.24210.3946110.4042192X-RAY DIFFRACTION6
3.2421-3.3580.3182280.3601630X-RAY DIFFRACTION18
3.358-3.49240.3385650.34221225X-RAY DIFFRACTION36
3.4924-3.65130.30661390.31192399X-RAY DIFFRACTION70
3.6513-3.84370.36651660.30563455X-RAY DIFFRACTION100
3.8437-4.08440.2771840.26173472X-RAY DIFFRACTION100
4.0844-4.39960.28021930.20883434X-RAY DIFFRACTION100
4.3996-4.8420.25421810.17473484X-RAY DIFFRACTION100
4.842-5.54180.21521840.18473507X-RAY DIFFRACTION100
5.5418-6.97890.26972020.22363508X-RAY DIFFRACTION100
6.9789-49.29470.21551880.2053670X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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